Sejak implementasi Peraturan Pemerintah Nomor 58 Tahun 2023 (PP 58/2023) dan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 168 Tahun 2023 (PMK 168/2023), metode penghitungan PPh Pasal 21 mengalami perubahan signifikan. Pada bulan Januari hingga November, pajak dihitung menggunakan Tarif Efektif Rata-Rata (TER). Namun, pada Masa Pajak Terakhir (Desember atau bulan saat pegawai berhenti bekerja), penghitungan kembali ke tarif progresif Pasal 17 UU PPh.
Perbedaan mekanisme ini sering kali menyebabkan Lebih Bayar (LB) atau kelebihan pemotongan pada Masa Pajak Terakhir. Artinya, total pajak yang sudah dipotong dari Januari hingga November (menggunakan TER) ternyata lebih besar daripada pajak yang seharusnya terutang selama setahun penuh.
Berikut adalah analisis penanganan kelebihan potong tersebut dalam tiga skenario metode pemotongan yang umum diterapkan perusahaan.
Pada skema ini, perusahaan memotong pajak langsung dari gaji pegawai. Beban pajak sepenuhnya berada di pundak karyawan.
Contoh Kasus: Tuan A (Status K/1) menerima gaji Rp15.000.000/bulan.
Perlakuan Kelebihan Potong: Berdasarkan regulasi, jika terjadi kelebihan pemotongan, Pemotong Pajak (Perusahaan) wajib mengembalikan kelebihan tersebut kepada Pegawai Tetap. Dalam kasus Tuan A, perusahaan harus memberikan uang tunai/transfer sebesar Rp750.000 kepada Tuan A bersamaan dengan pemberian Bukti Potong 1721-A1. Bagi perusahaan, nilai ini akan mengurangi setoran pajak masa berikutnya.
Sejak berlakunya aturan natura (PMK 66/2023), pajak yang ditanggung oleh pemberi kerja tidak lagi dianggap sebagai non-deductible expense. Fasilitas PPh ini kini dikategorikan sebagai Kenikmatan (Benefit in Kind) yang merupakan objek pajak bagi pegawai dan biaya pengurang bagi perusahaan.
Contoh Kasus: Tuan B menerima gaji bersih Rp10.000.000. Perusahaan menanggung pajaknya.
Perlakuan Kelebihan Potong: Secara administratif dalam Bukti Potong 1721-A1, akan tercatat Lebih Bayar Rp300.000. Sesuai PMK 168/2023, kelebihan potong wajib dikembalikan kepada pegawai. Meskipun secara substansi ekonomi perusahaanlah yang membayar pajak tersebut, regulasi mengharuskan kelebihan yang tercatat di sistem dikembalikan ke pegawai. Perusahaan seringkali memperhitungkan ini sebagai penyesuaian nilai tunjangan di bulan terakhir agar tidak terjadi pembayaran ganda, namun secara legal formal, uang tersebut adalah hak pegawai.
Perusahaan memberikan tunjangan pajak yang dihitung secara matematis agar gaji bersih yang diterima pegawai utuh sesuai kontrak. Tunjangan ini menambah penghasilan bruto.
Contoh Kasus: Tuan C menerima gaji Rp20.000.000 + Tunjangan Pajak (dihitung gross-up).
Perlakuan Kelebihan Potong: Sama seperti skenario lainnya, perusahaan wajib mengembalikan uang Rp500.000 tersebut kepada Tuan C. Karena Tuan C menerima tunjangan pajak sebagai haknya, maka kelebihan tersebut sah menjadi milik Tuan C.
Ketika perusahaan mengembalikan uang kelebihan potong kepada karyawan (misal total Rp20.000.000 untuk seluruh karyawan), maka SPT Masa PPh 21 Perusahaan pada masa pajak terakhir akan berstatus Lebih Bayar (LB).
Atas LB perusahaan ini, perusahaan berhak melakukan Kompensasi. Berdasarkan aturan terbaru PER-11/PJ/2025, kelebihan penyetoran ini dapat dikompensasikan ke masa pajak berikutnya tanpa harus berurutan. Contohnya, Lebih Bayar di Masa Desember 2024 dapat dikompensasikan langsung untuk mengurangi pajak terutang di Masa Januari 2025, Februari 2025, atau bulan apapun di tahun berikutnya.
Terlepas dari metodenya (gross, net/natura, atau gross-up), jika terjadi Lebih Potong pada Masa Pajak Terakhir (Formulir 1721-A1 menunjukkan angka minus/kurung), perusahaan wajib mengembalikan uang tersebut kepada pegawai. Perusahaan kemudian "meminta kembali" uang tersebut dari negara melalui mekanisme kompensasi di bulan-bulan berikutnya.