Pengadilan Pajak secara tegas menolak gugatan yang diajukan oleh PT AKJ atas Surat Pengembalian Permohonan Pengurangan Surat Ketetapan Pajak (SKP) yang Tidak Benar, menegaskan bahwa kepastian hukum dan disiplin waktu dalam administrasi perpajakan adalah prinsip yang tidak dapat ditawar. Putusan ini menyoroti Pasal 14 Ayat (6) Peraturan Menteri Keuangan Nomor 8/PMK.03/2013 yang membatasi pengajuan permohonan kedua hanya dalam jangka waktu paling lama 3 (tiga) bulan sejak keputusan permohonan pertama dikirim. Pelanggaran batas waktu formal ini menjadi pintu utama kegagalan gugatan PT AKJ, meskipun mereka berupaya menggunakan celah perbedaan alasan hukum.
PT AKJ berargumen bahwa Surat Kepala Kantor Wilayah DJP yang mengembalikan permohonan adalah tindakan melawan hukum yang seharusnya diselesaikan dengan Keputusan penolakan atau pengabulan. PT AKJ mencoba memisahkan alasan permohonan pertama (koreksi tidak benar) dari permohonan kedua (SKP seharusnya tidak diterbitkan) yang diatur dalam Pasal 13 PMK-8/2013, dengan maksud mengesampingkan batasan waktu 3 bulan. Selain itu, PT AKJ juga menuduh DJP melakukan penyalahgunaan wewenang dan seharusnya menerapkan prinsip fiktif positif Pasal 36 Ayat (1d) Undang-Undang Ketentuan Umum dan Tata Cara Perpajakan (UU KUP), mengingat proses permohonan telah melewati enam bulan tanpa keputusan.
Sebaliknya, DJP berpendirian bahwa tindakan pengembalian permohonan adalah sesuai prosedur Pasal 15 Ayat (3) PMK-8/2013, karena permohonan kedua nyata-nyata diajukan jauh melampaui batas waktu 3 bulan. DJP menekankan bahwa tujuan Pasal 14 Ayat (6) PMK-8/2013 adalah untuk menciptakan finalitas atas penetapan pajak dan menghindari upaya berulang yang tidak berdasar. Secara prinsipil, DJP juga mengajukan fakta bahwa Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar (SKPKB) yang dipermasalahkan telah menjadi objek sengketa yang final (res judicata) melalui Putusan Pengadilan Pajak sebelumnya.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak memutuskan untuk menolak gugatan PT AKJ. Pertimbangan hukum Majelis secara dominan membenarkan argumentasi DJP mengenai pelanggaran batas waktu formal. Majelis menegaskan bahwa batasan 3 bulan adalah ketentuan imperatif yang harus dipatuhi. Yang lebih penting, Majelis menyimpulkan bahwa upaya PT AKJ adalah salah alamat dan berpotensi menggantikan mekanisme Peninjauan Kembali (PK) ke Mahkamah Agung. SKPKB yang telah memperoleh kekuatan hukum tetap (res judicata) melalui putusan pengadilan sebelumnya tidak dapat diuji kembali melalui mekanisme administratif yang sama. Tindakan DJP mengembalikan permohonan merupakan bentuk kepatuhan dan penghormatan terhadap finalitas putusan pengadilan.
Implikasi dari putusan ini sangat signifikan bagi praktik litigasi perpajakan. Putusan ini menjadi pengingat tegas bahwa Wajib Pajak harus cermat dalam memilih dan melaksanakan upaya hukum, khususnya yang terkait dengan batas waktu formal. Pengadilan Pajak menegaskan bahwa perbedaan alasan hukum (Pasal 13 Ayat (1) vs. Ayat (3) PMK-8/2013) tidak serta merta membebaskan Wajib Pajak dari kewajiban memenuhi batas waktu pengajuan permohonan kedua. Apabila suatu penetapan pajak telah final melalui jalur pengadilan, upaya hukum selanjutnya harus diarahkan pada mekanisme yang benar, yaitu Peninjauan Kembali.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini