Pelaksanaan upaya hukum Keberatan sebagaimana diatur dalam Pasal 25 Undang-Undang Ketentuan Umum dan Tata Cara Perpajakan (UU KUP) adalah hak fundamental Wajib Pajak yang tidak boleh dihalangi oleh hambatan formal yang tidak substansial. Dalam kasus Gugatan yang melibatkan PT YMEI melawan Direktur Jenderal Pajak (DJP), sengketa muncul bukan pada substansi koreksi pajak, melainkan pada keabsahan surat DJP yang menyatakan Surat Keberatan PT YMEI tidak memenuhi persyaratan formal. Keputusan DJP tersebut secara langsung menutup akses PT YMEI terhadap proses penyelesaian sengketa perpajakan pada tingkat administrasi keberatan.
Inti Konflik dalam kasus ini adalah penafsiran terhadap Pasal 25 ayat (2) UU KUP, yang mensyaratkan Surat Keberatan harus "mengemukakan jumlah pajak terutang menurut perhitungan Wajib Pajak". PT YMEI, yang menolak seluruh koreksi Pajak Pertambahan Nilai (PPN) yang ditetapkan melalui Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar (SKPKB), secara tegas mencantumkan bahwa jumlah PPN terutang menurut perhitungannya adalah Nihil. Namun, DJP menolak memproses keberatan tersebut dengan alasan PT YMEI tidak mencantumkan rincian jumlah pajak yang disetujui, menganggapnya sebagai pelanggaran syarat formal. DJP memandang bahwa surat pemberitahuan penolakan tersebut merupakan tindakan administratif yang sah, bahkan sempat berargumen bahwa keputusan tersebut bukan objek Gugatan di Pengadilan Pajak.
Resolusi atas konflik ini diputuskan oleh Majelis Hakim Pengadilan Pajak yang berpendapat bahwa Surat Pemberitahuan DJP adalah Keputusan Administratif yang dapat digugat sesuai Undang-Undang Pengadilan Pajak (UUPP), karena keputusan tersebut secara nyata telah membatasi dan meniadakan hak PT YMEI untuk menempuh upaya hukum keberatan. Majelis kemudian melakukan uji kepatuhan formal terhadap Surat Keberatan PT YMEI dan menyimpulkan bahwa PT YMEI telah memenuhi semua klausul yang dipersyaratkan oleh Pasal 25 ayat (2) UU KUP, termasuk secara jelas mencantumkan jumlah pajak terutang Nihil (menolak total koreksi) disertai alasan.
Analisis dan Dampak Putusan ini menegaskan bahwa penafsiran DJP yang mengharuskan pencantuman rincian jumlah yang disetujui, padahal PT YMEI menolak seluruh koreksi, adalah penafsiran yang terlalu formalistis dan tidak sejalan dengan semangat pemberian hak hukum kepada Wajib Pajak. Putusan yang mengabulkan seluruh Gugatan PT YMEI dan memerintahkan DJP untuk memproses keberatan tersebut menjadi preseden penting dalam litigasi pajak prosedural, menekankan bahwa substansi penolakan total (Nihil) adalah pemenuhan syarat "mengemukakan jumlah pajak terutang menurut perhitungan Wajib Pajak."
Kesimpulan dari kasus ini adalah pentingnya bagi Wajib Pajak untuk secara eksplisit mencantumkan angka Nihil pada kolom jumlah pajak terutang menurut perhitungan PT YMEI, jika memang menolak seluruh koreksi, dan yang terpenting, Wajib Pajak memiliki mekanisme Gugatan untuk melawan Keputusan DJP yang menghalangi hak mereka menempuh upaya hukum.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini