Sengketa perpajakan seringkali bukan tentang siapa yang mencuri uang negara, melainkan tentang benturan antara kaku-nya teks aturan melawan realitas bisnis. Kasus PT JMI melawan Direktur Jenderal Pajak (DJP) adalah contoh klasik bagaimana ketiadaan selembar kertas izin "Pemusatan Pajak Pertambahan Nilai (PPN)" bisa memicu sengketa senilai Rp4.156.429.802,00. Kasus ini memberikan pelajaran krusial tentang pentingnya tertib administrasi bagi perusahaan multi-cabang.
PT JMI adalah perusahaan galangan kapal dengan struktur unik namun umum: Kantor Pusat di Jakarta mengurus kontrak dan administrasi, sementara Kantor Cabang di Semarang mengurus fisik produksi kapal. Secara bisnis, mereka satu tubuh. Namun di mata hukum PPN tahun 2021, karena mereka belum mengajukan izin sentralisasi (pemusatan PPN), mereka dianggap dua entitas terpisah. Akibatnya, ketika Cabang Semarang mengirimkan kapal yang selesai diperbaiki ke Pusat Jakarta (untuk diserahkan ke klien), DJP menganggap itu adalah "penyerahan BKP" yang wajib dipungut PPN. DJP menerbitkan tagihan PPN miliaran rupiah karena Cabang tidak menerbitkan Faktur Pajak ke Pusat.
Di meja hijau, DJP bersikeras pada Pasal 1A ayat (1) huruf f Undang-Undang Pajak Pertambahan Nilai (UU PPN): "Penyerahan antar cabang adalah penyerahan BKP". Titik. Tidak ada sentralisasi berarti wajib bayar. Di sisi lain, PT JMI berteriak tentang ketidakadilan. Mereka berargumen, "Kami sudah bayar PPN penuh saat kapal diserahkan ke pelanggan! Menagih pajak lagi di internal sama saja memajaki diri sendiri." Argumen PT JMI menyentuh prinsip dasar PPN: Netralitas. Jika Cabang dipaksa memungut PPN ke Pusat, Pusat toh akan mengkreditkannya kembali, dan ujung-ujungnya nol. Maka dari itu, memaksa untuk melakukan pembayaran hanya akan mengganggu arus kas tanpa menambah penerimaan negara riil.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak mengambil posisi yang melegakan pelaku usaha. Hakim melihat bahwa menghukum PT JMI atas kelalaian administratif—di saat hak negara yang sesungguhnya (PPN dari konsumen) sudah diamankan—adalah tindakan yang tidak proporsional. Hakim menekankan bahwa koreksi DJP berpotensi menyebabkan pajak berganda (double taxation) dan mengabaikan fakta integrasi bisnis PT JMI. Putusan "Kabul Seluruhnya" menjadi bukti bahwa dalam hukum pajak, substansi keadilan masih memiliki tempat di atas formalitas kaku.
Meski menang, PT JMI harus berdarah-darah melalui proses banding. Pelajarannya jelas: Jangan remehkan izin administrasi. Bagi perusahaan yang memiliki banyak cabang, "Pemusatan PPN" bukan sekadar opsi, tapi kebutuhan vital untuk menghindari eksposur risiko seperti ini. Kemenangan PT JMI adalah preseden baik, namun mencegah sengketa dengan tertib administrasi jauh lebih bijak dan murah.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini