Di tengah tuntutan kepatuhan formal, seringkali Wajib Pajak dihadapkan pada penerapan aturan yang berubah di tengah jalan, bahkan setelah transaksi dilakukan. Inilah yang dialami oleh Pengusaha Kena Pajak (PKP) yang harus berjuang melawan Surat Tagihan Pajak (STP) PPN senilai Rp208.725.739 di Pengadilan Pajak. Dalam PUT-007892.99/2018/PP/MIIIB, di mana inti persoalan terletak pada penetapan Surat Tagihan Pajak (STP) PPN yang disertai sanksi denda 2% dari Dasar Pengenaan Pajak (DPP) senilai Rp208.725.739. Penggugat memaparkan kronologi bahwa pada Januari 2015, PT KCI menerbitkan faktur pajak yang sepenuhnya sesuai dengan ketentuan UU PPN, dibuat saat penyerahan Barang Kena Pajak, dan memuat seluruh elemen wajib faktur pajak, termasuk nomor seri faktur yang sesuai jatah NSFP tahun berjalan. Keberatan utama Penggugat adalah DJP menilai faktur tersebut "tidak benar" semata-mata karena tanggal faktur dicantumkan lebih awal daripada tanggal surat pemberian NSFP, dengan ketentuan yang digunakan DJP berasal dari SE-26/PJ/2015, sebuah Surat Edaran yang baru diterbitkan pada 2 April 2015, atau tiga bulan setelah faktur pajak sengketa diterbitkan. Artinya, menurut Penggugat, DJP telah menerapkan aturan yang belum berlaku pada saat faktur dibuat, sehingga penerapan SE tersebut bersifat retroaktif, padahal PER-24/PJ/2012 sebagai peraturan pelaksana resmi yang berlaku saat itu, tidak pernah mengatur larangan pencantuman tanggal faktur sebelum tanggal surat NSFP.
Di sisi lain, DJP mempertahankan bahwa penerbitan STP sudah sesuai ketentuan, berpendapat bahwa faktur pajak dengan tanggal yang lebih awal daripada tanggal surat NSFP termasuk kategori faktur pajak yang memuat "keterangan yang tidak sebenarnya". Dalam hal ini, Tergugat merujuk pada SE-26/PJ/2015 yang menegaskan bahwa nomor seri faktur pajak hanya boleh digunakan pada tanggal surat pemberian NSFP atau setelahnya. DJP menilai pelanggaran ini masuk dalam kondisi yang diatur Pasal 14 ayat (1) huruf d, e, atau f UU KUP, sehingga sah baginya untuk menerbitkan STP dengan sanksi denda 2% dari Dasar Pengenaan Pajak.
Menanggapi sengketa tersebut, Majelis Hakim Pengadilan Pajak memberikan putusan yang berpihak pada Wajib Pajak. Pendapat Majelis Hakim menjadi penentu, di mana Majelis menegaskan bahwa PER-24/PJ/2012, sebagai peraturan pelaksana yang tertinggi saat itu, tidak memuat ketentuan yang mewajibkan Nomor Seri Faktur Pajak digunakan hanya pada tanggal surat pemberitahuan atau setelahnya. Dengan tidak adanya larangan tersebut dalam peraturan setingkat Peraturan Direktur Jenderal Pajak, Majelis Hakim memutuskan bahwa faktur pajak keluaran yang diterbitkan Penggugat pada Januari 2015 adalah faktur pajak yang lengkap dan tepat waktu sesuai dengan masa penerbitannya berdasarkan Pasal 13 ayat (5) UU PPN. Berdasarkan pertimbangan hukum ini, Majelis Hakim mengabulkan gugatan Penggugat dan memerintahkan pembatalan seluruh Surat Tagihan Pajak (STP) yang diterbitkan dengan sanksi Pasal 14 ayat (4) UU KUP. Putusan ini sekali lagi menegaskan pentingnya prinsip kepastian hukum dan non-retroaktivitas dalam administrasi perpajakan.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini