Implikasi signifikan atas penerapan Pasal 4 ayat (1) Undang-Undang Pajak Penghasilan (UU PPh) mengenai pengakuan penghasilan menjadi inti konflik hukum dalam Putusan ini. Perkara ini menyoroti diskrepansi krusial antara pengakuan pendapatan berbasis stelsel akrual yang digunakan Wajib Pajak dengan metode uji arus kas yang diadopsi oleh Direktorat Jenderal Pajak (DJP) sebagai dasar koreksi. PT MLY berhasil membatalkan koreksi PPh Badan sebesar Rp20.110.209.757,00 yang diakibatkan oleh penggunaan pos Penerimaan Kas dari Pelanggan dalam Laporan Arus Kas Audited sebagai referensi tunggal perhitungan omzet. Laporan ini mengevaluasi bagaimana Majelis Hakim menegaskan kembali prinsip pembuktian dan pentingnya mendasarkan koreksi pada dokumen primer pembukuan yang sah.
Konflik timbul ketika DJP menemukan adanya angka Penerimaan Kas dari Pelanggan sebesar Rp29.055.922.538,00 pada Laporan Arus Kas yang telah diaudit, yang jauh melebihi Peredaran Usaha yang dilaporkan PT MLY dalam SPT Tahunan PPh Badan, yakni Rp8.945.712.781,00. DJP berasumsi bahwa selisih angka tersebut merupakan Peredaran Usaha yang belum dilaporkan, sehingga dilakukan koreksi positif. Argumen DJP terfokus pada Pasal 28 ayat (3) Undang-Undang Ketentuan Umum dan Tata Cara Perpajakan (UU KUP), yang mensyaratkan pembukuan harus mencerminkan keadaan yang sebenarnya, dan menganggap Laporan Arus Kas Audited sebagai bukti kuat adanya under-reported revenue.
Di sisi lain, PT MLY membantah koreksi tersebut dengan tegas. Mereka menjelaskan bahwa perbedaan angka Rp20.110.209.757,00 tersebut semata-mata diakibatkan oleh kesalahan klasifikasi akun oleh Kantor Akuntan Publik (KAP) awal, di mana pos-pos Neraca tertentu keliru dicantumkan sebagai Penerimaan Kas dari Pelanggan. PT MLY berhasil membuktikan dalilnya dengan dua instrumen utama: pertama, Surat Klarifikasi Resmi dari KAP yang mengoreksi kesalahan tersebut dan kedua, Buku Besar (General Ledger) yang secara konsisten dan rinci mencatat Peredaran Usaha sesuai stelsel akrual yang dilaporkan dalam SPT.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak mengambil posisi yang mendukung prinsip pembukuan yang taat asas dan kewajiban pembuktian yang melekat pada DJP. Sesuai Pasal 78 Undang-Undang Pengadilan Pajak, Majelis berpendapat bahwa DJP gagal memenuhi kewajiban pembuktian untuk mempertahankan koreksinya. Koreksi DJP dinilai asumtif karena hanya berdasarkan satu pos di Laporan Arus Kas (yang merupakan laporan sekunder dalam konteks PPh Badan stelsel akrual) tanpa didukung oleh pengujian substantif yang komprehensif, seperti rekonsiliasi ke Buku Bank atau analisis mendalam terhadap Buku Besar. Majelis meyakini bahwa kesalahan klasifikasi akun oleh KAP tidak dapat serta merta dijadikan dasar koreksi Peredaran Usaha, terutama ketika PT MLY dapat menyajikan dokumen pembukuan primer yang rinci (Buku Besar) yang membuktikan sebaliknya.
Putusan ini memiliki dampak penting dalam praktik litigasi perpajakan, khususnya terkait sengketa hasil uji arus kas. Pertama, putusan ini menekankan bahwa DJP tidak dapat secara parsial menggunakan data dari satu laporan keuangan (seperti Laporan Arus Kas) yang disajikan dengan stelsel kas untuk mengoreksi penghasilan yang diakui dengan stelsel akrual (Laporan Laba Rugi), tanpa melakukan pengujian yang komprehensif. Kedua, kasus ini menjadi preseden bagi PT MLY untuk mempertahankan integritas Buku Besar sebagai dokumen pembukuan utama. Kegagalan DJP dalam menyajikan Kertas Kerja Pemeriksaan (KKP) yang memadai dan ketiadaan uji substantif menjadi faktor kunci pembatalan koreksi, yang mengafirmasi bahwa beban pembuktian tetap berada di pundak pihak yang menerbitkan koreksi.
Kemenangan PT MLY dalam sengketa ini menegaskan pentingnya konsistensi dalam penerapan stelsel akrual dan keharusan bagi DJP untuk mendasarkan koreksi pada fakta dan bukti yang meyakinkan, bukan pada asumsi yang timbul dari kesalahan klasifikasi pihak ketiga. Bagi Wajib Pajak, pelajaran yang dapat diambil adalah keharusan untuk memiliki dokumentasi yang kuat, termasuk surat pernyataan resmi dari KAP atas koreksi yang dilakukan, untuk menangkis koreksi yang bersifat asumtif.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini