Penetapan koreksi Pajak Pertambahan Nilai (PPN) atas Pemanfaatan Jasa Kena Pajak (JKP) dari Luar Daerah Pabean seringkali menimbulkan sengketa, terutama ketika subjek transaksi memiliki keterkaitan erat dengan koreksi pada jenis Pajak Penghasilan (PPh) Badan, sebagaimana tercermin dalam Putusan ini. Inti perselisihan dalam kasus ini adalah keabsahan pengkreditan PPN JKP Luar Negeri (PPN JLN) atas biaya penggantian gaji ekspatriat (salary manpower cost) yang ditagihkan oleh Induk Usaha di luar negeri, di mana PPN terutang telah disetor oleh PT CLSI domestik dan dibuktikan dengan Surat Setoran Pajak (SSP) yang memiliki Nomor Transaksi Penerimaan Negara (NTPN) yang sah.
Konflik inti muncul dari pandangan berbeda mengenai syarat material dan formal dalam pengkreditan PPN JLN. Direktorat Jenderal Pajak (DJP) menolak pengkreditan tersebut karena berdasarkan hasil pemeriksaan PPh Badan, biaya gaji yang mendasari PPN JLN ini tidak dapat diyakini eksistensi dan manfaat ekonominya. Dalam skema reimbursement antar afiliasi, PT CLSI gagal membuktikan adanya transfer gaji riil dari Induk kepada masing-masing ekspatriat pada masa pajak bersangkutan. Bagi DJP, kegagalan pembuktian substansi ini membuat SSP PPN JLN tidak memenuhi syarat material sebagai dokumen yang dipersamakan dengan Faktur Pajak, sesuai dengan ketentuan Pasal 13 ayat (9) Undang-Undang Pajak Pertambahan Nilai (UU PPN). Sebaliknya, PT CLSI berargumen bahwa kewajiban self-assessment telah dilaksanakan secara formal; PPN sudah dipungut dan disetor, sehingga secara hukum SSP tersebut seharusnya sah dikreditkan sebagai Pajak Masukan berdasarkan Pasal 9 ayat (2) UU PPN, karena transaksi jasa (fasilitas pembayaran gaji) telah tersedia dan dimanfaatkan untuk kegiatan usaha.
Menghadapi perdebatan tersebut, Majelis Hakim Pengadilan Pajak mengambil posisi yang mengutamakan pembuktian substansi. Majelis menyimpulkan bahwa PT CLSI tidak mampu meyakinkan pengadilan mengenai kebenaran dan eksistensi JKP yang dimanfaatkan, terutama karena tidak adanya bukti transfer gaji primer dan ketidaksesuaian waktu pelunasan reimbursement kepada Induk Usaha. Oleh karena itu, Majelis menolak permohonan banding. Namun, dalam putusannya, Majelis menerapkan prinsip keadilan dan kepastian hukum. Meskipun SSP PPN JLN tidak dapat dikreditkan, Majelis memutuskan bahwa dana PPN sebesar Rp7.519.642,00 yang terlanjur disetor ke Kas Negara harus diakui sebagai SSP biasa atas pembayaran pajak yang seharusnya tidak terutang dan dapat langsung diperhitungkan dengan kewajiban PPN PT CLSI pada masa yang sama.
Putusan ini memberikan implikasi ganda yang signifikan bagi praktik perpajakan, khususnya untuk transaksi afiliasi. Pertama, Putusan ini menegaskan adanya kaitan yang tak terpisahkan antara pembuktian biaya (PPh) dan pengenaan PPN JLN. Kelemahan dalam dokumentasi biaya di PPh akan langsung memicu koreksi PPN, sekalipun aspek formal PPN telah dipenuhi. Kedua, Majelis Hakim menunjukkan peran aktifnya dalam menjamin keadilan. Walaupun menolak pengkreditan, Majelis memastikan bahwa setoran pajak yang terlanjur dibayar atas objek yang tidak terbukti keberadaannya tidak hangus, melainkan dikembalikan/diperhitungkan dengan kewajiban pajak lainnya. Pelajaran penting bagi Wajib Pajak multinasional adalah untuk selalu menyimpan bukti primer (seperti bukti transfer) dari reimbursement yang dilakukan oleh pihak afiliasi.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini