Kepastian hukum kembali menjadi sorotan dalam sistem perpajakan melalui Putusan Pengadilan Pajak Nomor PUT-011945.99/2023/PP/M.XVIB Tahun 2025. Sengketa ini bermula dari PT PC sebagai Penggugat, yang mempermasalahkan Keputusan Direktur Jenderal Pajak Nomor KEP-12546/NKEB/PJ/WPJ.09/2023. Perkara ini bukan berfokus pada besar kecilnya pajak terutang, tetapi pada apakah keputusan administratif DJP telah diterbitkan sesuai dengan hukum, prosedur, dan asas-asas umum pemerintahan yang baik. Penggugat berpendapat bahwa keputusan tersebut tidak memberikan pemulihan yang layak atas cacat fundamental yang melekat pada SKPKB, sehingga keadilan dan kepastian hukum menjadi hilang.
Sengketa ini sesungguhnya merupakan puncak dari rangkaian panjang polemik yang bermula sejak tahun 2009. Pada tanggal 29 Oktober 2009, DJP menerbitkan SKPKB PPh Badan Tahun Pajak 2007 yang kemudian digugat oleh Penggugat dan dimenangkan di Pengadilan Pajak pada 27 Agustus 2010. Menindaklanjuti putusan tersebut, DJP menerbitkan SKPKB baru pada 29 November 2010, namun SKPKB tersebut kembali digugat dan kembali dibatalkan Pengadilan Pajak pada 21 Desember 2011. Perjalanan hukum berlanjut hingga tingkat Peninjauan Kembali di Mahkamah Agung, di mana PK DJP atas putusan pertama dikabulkan, tetapi PK DJP atas putusan kedua justru ditolak. Inkonsistensi status hukum SKPKB tersebut menimbulkan ketidakpastian berkepanjangan bagi wajib pajak.
Untuk mengakhiri kerumitan tersebut, pada 4 Agustus 2023 PT PC mengajukan permohonan pembatalan ketetapan pajak berdasarkan Pasal 36 ayat (1) huruf d UU KUP sebuah mekanisme diskresi yang memungkinkan DJP membatalkan ketetapan pajak yang tidak benar. Namun pada 15 November 2023 DJP menerbitkan Keputusan KEP-12546/NKEB/PJ/WPJ.09/2023 yang menolak permohonan tersebut dan mempertahankan SKPKB tahun 2009. Keputusan ini kemudian digugat ke Pengadilan Pajak karena dianggap mengabaikan cacat formal mendasar pada SKPKB, yaitu tidak adanya Pembahasan Akhir Hasil Pemeriksaan yang mengakibatkan wajib pajak kehilangan kesempatan untuk menyampaikan keberatan sebelum penetapan.
Dalam persidangan, Penggugat menegaskan bahwa pelaksanaan pemeriksaan tanpa Pembahasan Akhir mencederai prinsip hubungan timbal balik (audi alteram et partem) dan hak wajib pajak untuk didengar. Menurut Penggugat, DJP seharusnya membatalkan seluruh konsekuensi dari SKPKB, bukan sekadar mempertahankannya melalui keputusan yang bersifat formal administratif. DJP di sisi lain berpendapat telah menerbitkan keputusan sesuai prosedur dan kewenangan diskresi yang diberikan oleh undang-undang.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak pada akhirnya mengambil sikap tegas dengan mengabulkan seluruh gugatan Penggugat. Putusan ini menyatakan bahwa Keputusan KEP-12546/NKEB/PJ/WPJ.09/2023 tidak memenuhi unsur keabsahan hukum dan bertentangan dengan asas-asas umum pemerintahan yang baik, sehingga harus dibatalkan. Putusan tersebut sekaligus menghasilkan kepastian hukum baru bagi wajib pajak, yaitu bahwa SKPKB yang menjadi objek permohonan pembatalan tidak berlaku lagi. Putusan ini menegaskan bahwa diskresi fiskal bukanlah kewenangan absolut: setiap keputusan administratif DJP tetap tunduk pada pengujian yudisial serta wajib menghormati prosedur, asas profesionalitas, prinsip keadilan, dan perlindungan hak wajib pajak.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini.