Putusan ini menjadi preseden penting yang menggarisbawahi keharusan pembuktian material oleh fiskus dalam menetapkan koreksi Dasar Pengenaan Pajak (DPP) PPh Pasal 21. Sengketa ini berpusat pada koreksi PPh Pasal 21 Masa Pajak Maret 2021 terhadap PT ATI yang didasarkan pada metode ekualisasi, yakni pencocokan antara total beban gaji/upah yang dicatat dalam laporan laba rugi dengan total penghasilan bruto yang dipotong dan dilaporkan dalam SPT Masa PPh Pasal 21. Direktorat Jenderal Pajak (DJP) menemukan selisih positif yang besar dan secara otomatis mengasumsikannya sebagai objek PPh Pasal 21 yang belum dipotong, sehingga menimbulkan koreksi awal sebesar Rp. 8.778.859.103,00.
Inti konflik dalam sengketa ini terletak pada perbedaan justifikasi atas selisih ekualisasi tersebut. DJP menggunakan asas fungsional bahwa setiap beban gaji/upah yang diakui dalam laporan keuangan harusnya merupakan penghasilan bagi penerima yang wajib dipotong PPh Pasal 21. Sebaliknya, PT ATI membantah keras, berargumen bahwa selisih tersebut sebagian besar disebabkan oleh pos-pos biaya yang secara regulasi bukan merupakan objek PPh Pasal 21, seperti iuran Jaminan Sosial yang dibayar oleh perusahaan (porsi pemberi kerja) atau jenis pengeluaran lainnya yang bersifat natura dan memiliki perlakuan berbeda. PT ATI menyajikan bukti rinci berupa daftar gaji, bukti setoran iuran, dan penjelasan akuntansi untuk membuktikan sifat non-objek pajak dari pos-pos biaya tersebut.
Dalam resolusinya, Majelis Hakim Pengadilan Pajak menunjukkan sikap yang mengedepankan asas pembuktian. Majelis menerima sebagian besar bukti dan argumentasi yang diajukan oleh PT ATI. Putusan ini secara tegas membatalkan koreksi yang diajukan oleh DJP sebesar Rp. 7.908.069.279,00 karena PT ATI berhasil membuktikan bahwa pos-pos biaya yang disengketakan tersebut bukan merupakan objek PPh Pasal 21. Namun demikian, Majelis tetap mempertahankan sisa koreksi sebesar Rp. 870.789.824,00, yang mengindikasikan bahwa untuk sisa jumlah tersebut, PT ATI gagal memberikan pembuktian yang memuaskan.
Analisis putusan ini memberikan implikasi penting bagi praktik perpajakan, khususnya dalam mitigasi sengketa berbasis ekualisasi. Keputusan Majelis Hakim untuk mengabulkan sebagian permohonan banding menegaskan kembali prinsip bahwa penentuan utang pajak harus didukung oleh bukti material, bukan sekadar selisih data yang bersifat asumtif. Pelajaran yang dapat dipetik adalah bahwa Wajib Pajak harus senantiasa melakukan ekualisasi PPh Pasal 21 secara proaktif dan menyimpan dokumentasi yang sangat rinci (Kertas Kerja Ekualisasi) untuk menjelaskan setiap selisih, terutama yang berkaitan dengan iuran jaminan sosial, natura, dan perbedaan pengakuan akuntansi. Dokumentasi yang kuat adalah kunci untuk membatalkan koreksi yang tidak berdasar.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini