Jika ada kesalahan dalam pengisian Faktur Pajak, PKP dapat melakukan pembetulan atau penggantian dengan membuat Faktur Pajak pengganti. Nomor seri yang digunakan tetap sama, namun tanggal pembuatan diisi dengan tanggal yang baru.
Selain itu, pembatalan Faktur Pajak juga dapat dilakukan jika transaksi dibatalkan atau jika Faktur Pajak seharusnya tidak dibuat. Dalam kasus ini, PKP harus melaporkan pembatalan tersebut dalam SPT Masa PPN dengan nilai nol.
Faktur Pajak dianggap tidak lengkap jika tidak memuat keterangan yang benar. PKP yang membuat Faktur Pajak tidak lengkap bisa dikenakan sanksi, dan Pajak Masukan yang tertera di dalamnya tidak dapat dikreditkan. Faktur Pajak juga dianggap terlambat dibuat jika melebihi batas waktu yang ditentukan.