Pajak Masukan (PM) PT PL dikoreksi oleh DJP karena kesalahan administratif: pengkreditan Faktur Pajak (FP) normal (kode 010) padahal PKP Penjual telah menerbitkan FP pengganti. DJP secara ketat berargumen bahwa FP normal telah gugur dan hanya FP pengganti yang sah untuk dikreditkan, menegaskan pelanggaran syarat formal.
Konflik utamanya adalah mengukur bobot antara kesalahan kode dokumen dengan validitas nilai PPN yang telah dibayar. DJP menuntut kepatuhan sempurna, sementara Pemohon Banding berjuang untuk menyelamatkan nilai material PM yang telah dibayar. Pemohon Banding membuktikan bahwa baik FP normal maupun FP pengganti merujuk pada transaksi perolehan BKP/JKP yang sama dan PPN terkait telah disetor. Mereka meminta agar koreksi DJP hanya dikenakan pada selisih nilai minor yang belum dikreditkan dengan benar.
Majelis Hakim dalam kasus ini mengambil langkah pragmatis dan pro-substance. Majelis mengakui adanya cacat formal, namun Majelis memutuskan untuk menguji substansi transaksi dan nilai PPN. Setelah memverifikasi bahwa nilai PPN sebesar Rp132.535.243,00 secara material telah dibuktikan oleh Pemohon Banding, Majelis memutuskan untuk membatalkan sebagian besar koreksi DJP dan hanya mempertahankan koreksi atas selisih minor (Rp3.472.358,00). Keputusan ini sekali lagi menegaskan bahwa dalam sengketa formalitas FP, fakta material pembayaran PPN dan keberadaan transaksi yang sah memiliki bobot hukum yang lebih tinggi daripada kekeliruan administrasi teknis dokumen, selama kesalahan tersebut tidak menimbulkan kerugian negara.
Analisa komprehensif dan putusan lengkap atas sengketa ini tersedia di sini