Sengketa PPN Jasa Kena Pajak (JKP) senilai Rp509.325.499 dalam putusan PP-BK KSO menjadi preseden penting mengenai integritas administrasi kontrak. Majelis Hakim menolak pengkreditan PPN Masukan karena Faktur Pajak Masukan dari PT Global Platinum Engineer (PT GPE) terbit terlambat, serta menyoroti ketidakwajaran penerbitan dokumen Berita Acara Serah Terima (BAST) Pengganti.
Sengketa ini berawal dari koreksi DJP atas Faktur Pajak Masukan jasa pengerukan tertanggal 29 Desember 2017. DJP berpendapat Faktur Pajak Masukan tersebut terlambat. Dalam pemeriksaan, DJP menemukan bukti bahwa pekerjaan telah selesai 100% dan diserahkan berdasarkan Berita Acara Penyerahan Pekerjaan Pertama (BAPPP) dan BAST-1 yang sah, yang ditandatangani pada 3 Juli 2017. Berdasarkan PP No. 1 Tahun 2012, saat penyerahan JKP terjadi pada 3 Juli 2017, sehingga Faktur Pajak Masukan tertanggal 29 Desember 2017 telah terlambat lebih dari 5 bulan.
PP-BK KSO memberikan bantahan kuat bahwa BAST-1 tertanggal 3 Juli 2017 tersebut telah dibatalkan berdasarkan kesepakatan kedua belah pihak. Pembatalan ini, menurut PP-BK KSO, terpaksa dilakukan karena adanya Addendum II Perjanjian pada 21 Agustus 2017 yang mengubah volume pekerjaan dan menghapus masa retensi. PP-BK KSO mengklaim penyerahan JKP yang sah baru terjadi berdasarkan BAST Pengganti tertanggal 29 Desember 2017. Oleh karena itu, Faktur Pajak Masukan yang diterbitkan pada tanggal yang sama (29 Desember 2017) dianggap tepat waktu.
Majelis Hakim tidak meyakini dalil dan dokumen yang diajukan PP-BK KSO. Majelis tetap meyakini BAST-1 tertanggal 3 Juli 2017 sebagai bukti sah saat penyerahan JKP. Pertimbangan kunci Majelis adalah adanya ketidakwajaran (tidak lazim) dalam administrasi dokumen PP-BK KSO. Majelis menemukan fakta bahwa seluruh dokumen pendukung bantahan—meliputi BAPPP Batal, BAPP Pengganti, BAST 1 Pengganti, BAST 2 Pengganti, Invoice, Kwitansi, hingga FPM—semuanya diterbitkan dan ditandatangani secara serentak pada satu hari yang sama, yaitu 29 Desember 2017.
Majelis Hakim menyimpulkan bahwa Faktur Pajak Masukan (baik untuk pokok pekerjaan maupun retensi) telah diterbitkan terlambat lebih dari 3 bulan sejak saat penyerahan JKP yang sebenarnya (3 Juli 2017). Putusan 'Tolak' ini menegaskan bahwa integritas dan kewajaran alur administrasi dokumen (BAST) sangat krusial dalam pembuktian sengketa pajak. Upaya perbaikan dokumen yang dilakukan secara tidak wajar atau 'dirapel' terbukti gagal meyakinkan Majelis Hakim.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini.