Sengketa pengkreditan Pajak Masukan sering kali dipicu oleh hasil konfirmasi Faktur Pajak yang menyatakan "Tidak Ada" dalam sistem informasi perpajakan Direktorat Jenderal Pajak (DJP). Kasus PT AMS menunjukkan bahwa koreksi Terbanding yang semata-mata didasarkan pada Keputusan Direktur Jenderal Pajak Nomor KEP-754/PJ./2001 dapat dibatalkan jika Wajib Pajak mampu membuktikan keabsahan transaksi secara material.
Inti konflik dalam perkara ini terletak pada perbedaan interpretasi antara Terbanding dan Pemohon Banding mengenai tanggung jawab atas pelaporan PPN oleh pihak penjual. Terbanding bersikeras bahwa jika jawaban konfirmasi menyatakan "Tidak Ada", maka Pajak Masukan tidak dapat dikreditkan karena dianggap tidak ada pajak yang disetor ke kas negara. Sebaliknya, Pemohon Banding berargumen bahwa mereka adalah pembeli beriktikad baik yang telah melunasi harga perolehan beserta PPN-nya, dibuktikan dengan arus uang dan arus barang yang nyata. Kelalaian penjual dalam melaporkan faktur tersebut dalam SPT Masa PPN mereka tidak seharusnya menghapuskan hak pembeli untuk mengkreditkan Pajak Masukan.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya menegaskan prinsip cross-check dalam sistem PPN. Berdasarkan uji bukti yang komprehensif, Majelis menemukan bahwa Pemohon Banding telah menunjukkan bukti pendukung yang valid berupa invoice, kuitansi, dan bukti transfer bank yang berkorelasi dengan perolehan Barang Kena Pajak. Majelis berpendapat bahwa selama syarat formal dan material terpenuhi oleh pembeli, maka hak pengkreditan tetap dilindungi oleh undang-undang. Pasal 33 UU KUP mengenai tanggung jawab renteng tidak dapat serta-merta digunakan untuk menghukum pembeli jika pembeli dapat membuktikan pembayaran pajak telah dilakukan kepada penjual.
Resolusi dari sengketa ini memberikan kepastian hukum bahwa kebenaran material (fakta transaksi) melampaui kegagalan sistem administratif di sisi lawan transaksi. Implikasi dari putusan ini bagi PT AMS adalah pemulihan hak atas Pajak Masukan sebesar Rp101.996.882,00. Secara umum, putusan ini menjadi preseden penting bagi Wajib Pajak untuk selalu mendokumentasikan arus uang dan barang secara rapi guna memitigasi risiko atas ketidakpatuhan lawan transaksi (supplier).
Kesimpulannya, pengadilan pajak lebih mengedepankan substansi ekonomi dan bukti pembayaran yang nyata dibandingkan hanya bersandar pada hasil konfirmasi sistem yang bersifat administratif.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini