Koreksi Pajak Masukan sebesar Rp1,4 miliar terhadap PT SIS oleh otoritas pajak memicu perdebatan hukum mengenai batas antara kepatuhan formal dan kebenaran material dalam PPN. Sengketa ini berfokus pada Faktur Pajak yang diterbitkan sebelum tanggal Nomor Seri Faktur Pajak (NSFP) dan jawaban konfirmasi "tidak ada".
Inti konflik terletak pada interpretasi Terbanding terhadap PER-24/PJ/2012 dan SE-26/PJ/2015, di mana faktur yang diterbitkan di luar jatah atau mendahului tanggal NSFP dianggap sebagai faktur tidak lengkap yang tidak dapat dikreditkan secara absolut. Terbanding juga menegaskan bahwa jawaban konfirmasi negatif dari lawan transaksi menggugurkan hak pengkreditan. Di sisi lain, PT SIS berargumen bahwa kesalahan administratif pada sisi penerbit faktur tidak boleh menghapus hak pembeli yang telah membayar PPN secara nyata (substansi ekonomi), didukung bukti arus uang dan barang yang valid.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya menegaskan bahwa keabsahan pengkreditan Pajak Masukan harus mengacu pada Pasal 13 ayat (5) UU PPN dan Pasal 16F mengenai tanggung jawab renteng. Hakim berpendapat bahwa selama transaksi tersebut nyata dan PPN telah dibayar, kesalahan teknis NSFP oleh penjual serta kegagalan sistem konfirmasi tidak dapat membatalkan hak pengkreditan pembeli. Resolusi ini memberikan perlindungan hukum bagi pembeli yang beritikad baik. Analisis ini menunjukkan bahwa Pengadilan Pajak cenderung mengedepankan asas substance over form dalam sengketa formalitas faktur pajak, memberikan implikasi positif bagi kepastian hukum dunia usaha.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini