Sengketa pengkreditan Pajak Masukan pada tahap eksplorasi sering kali berbenturan dengan penafsiran Pasal 9 ayat (9) Undang-Undang PPN terkait larangan pengkreditan atas biaya yang telah dikapitalisasi atau dibebankan. Dalam kasus PT MDA, Terbanding melakukan koreksi positif atas Pajak Masukan Masa April 2012 senilai Rp138.450.249,00 dengan dalih bahwa nilai tersebut telah masuk dalam akun Deferred Exploration Expenditure pada laporan keuangan un-audited, yang menurut otoritas pajak merupakan bentuk kapitalisasi aset yang menggugurkan hak pengkreditan.
Inti konflik ini terletak pada klasifikasi akuntansi versus substansi hukum perpajakan. Terbanding berargumen bahwa pencatatan dalam akun aset non-lancar secara otomatis merupakan kapitalisasi yang bertujuan untuk diamortisasi di masa depan. Sebaliknya, Wajib Pajak menegaskan bahwa selama tahap eksplorasi belum selesai dan produksi komersial belum dimulai, belum ada pembebanan biaya (amortisasi) yang dilakukan. Wajib Pajak juga melakukan restatement laporan keuangan untuk memisahkan Pajak Masukan ke akun Prepaid Taxes guna membuktikan bahwa nilai tersebut tidak menjadi bagian dari harga perolehan aset yang akan disusutkan.
Majelis Hakim dalam resolusinya mengedepankan fakta bahwa Wajib Pajak belum berproduction komersial, sehingga secara logis belum ada biaya yang didebet ke laporan laba rugi melalui amortisasi. Keberadaan laporan keuangan audited yang telah di-restatement oleh auditor independen menjadi bukti kuat yang menggugurkan asumsi Terbanding. Majelis Hakim berpendapat bahwa pemisahan akun ke Prepaid Taxes menunjukkan niat dan fakta hukum bahwa Pajak Masukan tersebut tidak dikapitalisasi ke dalam nilai perolehan Barang Kena Pajak atau Jasa Kena Pajak.
Analisis atas putusan ini menunjukkan bahwa ketelitian dalam pencatatan akuntansi pada masa pra-produksi sangat krusial. Implikasi putusan ini mempertegas bahwa hak pengkreditan Pajak Masukan tetap terlindungi selama Wajib Pajak dapat membuktikan secara materiil bahwa belum ada pembebanan biaya yang terjadi. Bagi perusahaan tambang yang terikat Kontrak Karya, sinkronisasi antara perlakuan akuntansi (PSAK 33) dan ketentuan perpajakan harus dijaga ketat untuk menghindari sengketa serupa.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini