Sengketa pajak senilai Rp1,8 miliar antara PT VTI dan Direktorat Jenderal Pajak (DJP) akhirnya diputus oleh Majelis Hakim Pengadilan Pajak dengan kemenangan penuh bagi Wajib Pajak. Konflik ini berakar pada ketidakkonsistenan klasifikasi barang impor yang memicu perbedaan nilai Dasar Pengenaan Pajak (DPP) antara pembukuan perusahaan dengan penetapan Bea Cukai. DJP melakukan koreksi Pajak Masukan berdasarkan selisih data Modul Penerimaan Negara (MPN), namun Majelis Hakim menegaskan bahwa bukti pelunasan pajak yang sah berupa Surat Setoran Pabean, Cukai dan Pajak (SSPCP) memiliki kedudukan hukum yang lebih kuat dalam pengkreditan Pajak Masukan.
Inti konflik bermula saat pemeriksaan Masa Pajak Februari 2016, di mana Terbanding menemukan bahwa DPP PPN Impor yang dilaporkan PT VTI jauh lebih besar dibandingkan nilai pembelian impor di General Ledger. PT VTI berargumen bahwa perbedaan ini disebabkan oleh re-klasifikasi barang oleh Bea Cukai, dari material SIM Card menjadi Smart Card Banking yang tarifnya lebih tinggi. PT VTI memilih untuk membayar pajak sesuai penetapan Bea Cukai agar barang dapat keluar (clearance), sehingga muncul selisih nilai DPP antara pembukuan (biaya riil) dengan dokumen impor (DPP pajak). Terbanding bersikukuh bahwa Pajak Masukan hanya boleh dikreditkan secara proporsional sesuai nilai pembelian dalam pembukuan, sementara PT VTI menuntut hak pengkreditan penuh atas pajak yang nyata-nyata telah dibayar ke kas negara.
Resolusi hukum diberikan oleh Majelis Hakim yang menyatakan bahwa selama pembayaran PPN Impor dapat dibuktikan dengan SSPCP atau Bukti Penerimaan Negara (BPN) yang tervalidasi di sistem MPN, maka Pajak Masukan tersebut sah untuk dikreditkan. Majelis berpendapat bahwa Terbanding keliru dalam menggunakan selisih DPP sebagai dasar membatalkan kredit pajak. Secara yuridis, jika terdapat ketidakwajaran nilai DPP dibandingkan pembukuan, Terbanding seharusnya melakukan koreksi pada pos biaya atau pembelian, bukan menghapus hak pengkreditan pajak yang sudah dilunasi.
Analisis atas putusan ini menunjukkan bahwa Majelis Hakim mengedepankan prinsip keadilan dan kepastian hukum di atas sekadar rekonsiliasi administratif. Implikasi bagi PT VTI adalah pemulihan hak kredit pajak secara utuh, sementara bagi praktik perpajakan umum, kasus ini menjadi preseden penting bahwa bukti setor pajak yang sah tidak dapat dianulir hanya karena perbedaan klasifikasi akuntansi atau pembukuan selama substansi pembayaran pajak tersebut dapat dibuktikan kebenarannya.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini