Sengketa ini bermula ketika Terbanding melakukan koreksi Dasar Pengenaan Pajak (DPP) PPN Ekspor terhadap PT FI untuk Masa Pajak April 2020 melalui mekanisme secondary adjustment. Dasar koreksi ini merupakan imbas dari penyesuaian peredaran usaha pada PPh Badan yang dilakukan melalui pengujian Prinsip Kewajaran dan Kelaziman Usaha (PKKU). Terbanding menggunakan metode Transactional Net Margin Method (TNMM) dengan indikator Markup to Total Cost (MTC) dan membandingkan laba transaksi afiliasi dengan transaksi independen internal untuk menarik kesimpulan adanya kekurangan pelaporan nilai ekspor.
Inti konflik terletak pada ketidaksepakatan pemilihan pembanding dalam analisis transfer pricing. Pemohon Banding berargumen bahwa transaksi independen internal tidak dapat dibandingkan secara langsung (apple-to-apple) karena adanya perbedaan profil fungsional, aset, dan risiko yang signifikan. Pemohon Banding menegaskan posisinya dalam transaksi afiliasi hanyalah sebagai contract manufacturer dengan risiko terbatas, berbeda dengan transaksi independen yang bersifat fully-fledged. Ketidakakuratan dalam penentuan pembanding ini menyebabkan perhitungan margin laba yang dilakukan Terbanding menjadi tidak valid secara regulasi.
Majelis Hakim memberikan resolusi dengan merujuk pada prinsip keterkaitan sengketa. Mengingat koreksi induknya—yakni koreksi peredaran usaha pada PPh Badan—telah dibatalkan dalam putusan pengadilan sebelumnya, maka secara hukum koreksi turunan pada DPP PPN Ekspor tidak memiliki landasan yang kuat. Majelis menilai Terbanding gagal membuktikan adanya perbedaan karakteristik produk dan fungsi yang telah disesuaikan secara memadai, sehingga koreksi tersebut harus dibatalkan demi hukum untuk memastikan kepastian bagi Wajib Pajak.
Analisis dan dampak dari putusan ini menegaskan pentingnya konsistensi dalam penanganan sengketa pajak yang bersifat berantai (link-case). Putusan ini memberikan perlindungan bagi Wajib Pajak dari koreksi otomatis yang tidak didukung bukti kuat pada setiap pos sengketa. Kesimpulannya, pengujian kewajaran dalam transaksi afiliasi menuntut ketelitian dalam analisis fungsional sebelum melakukan penyesuaian pajak, terutama jika menyangkut dampak lintas jenis pajak seperti PPN atas penyerahan ekspor.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini