Sengketa ini bermula dari koreksi fiskal positif Terbanding sebesar Rp21.900.484.330,00 yang didasarkan pada penafsiran ulang alokasi biaya bersama (joint cost) sesuai amanat Pasal 27 PP 94/2010. Terbanding bersikeras bahwa nilai bruto transaksi penjualan saham harus menjadi pembilang dalam menghitung proporsi biaya yang tidak dapat dikurangkan, mengingat PPh Final atas saham di bursa efek dipungut dari nilai bruto. PT D (Pemohon Banding) menyanggah dengan argumen bahwa secara substansi ekonomi dan akuntansi sektor keuangan, penghasilan riil dari saham adalah selisih harga atau capital gain, bukan nilai transaksinya.
Konflik penafsiran ini memuncak pada perbedaan pemilihan indikator ekonomi sebagai dasar alokasi biaya. Terbanding menggunakan pendekatan formalistik pajak (DPP PPh Final), sementara WP menggunakan pendekatan matching cost against revenue yang sejalan dengan PSAK dan regulasi OJK. Terbanding menganggap penggunaan nilai neto akan mendistorsi beban biaya yang seharusnya dialokasikan ke penghasilan final, sehingga mengakibatkan pengecilan penghasilan kena pajak secara tidak sah. Sebaliknya, WP berargumen bahwa nilai bruto transaksi saham masih mengandung unsur harga perolehan yang merupakan biaya langsung, sehingga tidak logis jika dijadikan dasar untuk mengalokasikan biaya tidak langsung (indirect cost).
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya memihak pada argumen WP dengan menekankan prinsip substance over form. Majelis berpendapat bahwa meskipun PP 41/1994 menetapkan tarif PPh Final dari nilai bruto, hal tersebut hanyalah metode pemungutan (collection mechanism) dan bukan definisi penghasilan secara akuntansi untuk tujuan alokasi biaya. Penggunaan nilai bruto sebagai pembilang dalam rumus proporsi biaya dianggap tidak akurat karena akan menghasilkan pembebanan biaya yang tidak proporsional dan melampaui beban ekonomi yang sebenarnya terkait penghasilan final tersebut.
Putusan ini memberikan implikasi krusial bagi perusahaan holding dan perusahaan efek di Indonesia. Kemenangan PT D menegaskan bahwa standarisasi akuntansi (PSAK/OJK) tetap menjadi pilar utama dalam pengisian SPT Tahunan PPh Badan sepanjang tidak diatur secara spesifik dan berbeda oleh undang-undang. Secara hukum, Majelis mengakui bahwa biaya bersama harus dialokasikan berdasarkan "penghasilan" dalam arti ekonomi (keuntungan), bukan sekadar nilai peredaran bruto yang belum dikurangi harga pokok.
Kesimpulannya, sengketa ini dimenangkan oleh WP karena Majelis Hakim konsisten menerapkan prinsip keadilan dalam pembebanan biaya. Bagi wajib pajak lain, kasus ini menjadi preseden penting bahwa penghitungan alokasi joint cost harus mencerminkan realitas ekonomi transaksi guna menghindari koreksi fiskal yang bersifat administratif namun membebani secara finansial.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini