Kegagalan sistem administrasi perpajakan dalam mencatat pelaporan faktur pajak oleh lawan transaksi sering kali menjadi dasar bagi Direktorat Jenderal Pajak (DJP) untuk melakukan koreksi Pajak Masukan secara sepihak. Berdasarkan Pasal 9 ayat (8) huruf f UU PPN, pengkreditan Pajak Masukan harus memenuhi persyaratan formal dan material, namun ketidakpatuhan penjual dalam melaporkan SPT Masa PPN sering kali dianggap sebagai kegagalan material bagi pembeli. Dalam kasus PT FI, Terbanding melakukan koreksi karena jawaban konfirmasi faktur pajak dinyatakan "Tidak Ada", mengindikasikan bahwa pemasok belum melaporkan kewajiban perpajakannya secara benar dalam sistem informasi perpajakan.
Inti konflik dalam sengketa ini terletak pada perdebatan mengenai siapa yang harus memikul beban ketidakpatuhan pelaporan pajak. Terbanding bersikukuh bahwa tanpa adanya pelaporan dari pihak penjual, maka tidak ada bukti bahwa PPN telah disetorkan ke kas negara, sehingga hak pengkreditan bagi pembeli gugur. Di sisi lain, Wajib Pajak (WP) berargumen bahwa mereka adalah pembeli yang beriktikad baik yang telah melunasi seluruh kewajiban pembayaran PPN kepada pemasok. WP menekankan penerapan prinsip tanggung jawab renteng sesuai Pasal 33 UU KUP dan Pasal 4 PP 1/2012, yang menyatakan bahwa pembeli hanya bertanggung jawab renteng jika tidak dapat menunjukkan bukti bahwa pajak telah dibayar.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak dalam pertimbangan hukumnya menegaskan bahwa kebenaran material melampaui hambatan administratif konfirmasi. Majelis berpendapat bahwa selama WP dapat membuktikan keberadaan arus barang dan arus uang yang nyata, maka hak pengkreditan Pajak Masukan tetap terlindungi. Hasil uji bukti menunjukkan bahwa PT FI telah melakukan pembayaran melalui transfer bank secara valid. Dengan demikian, Majelis Hakim memutuskan untuk membatalkan seluruh koreksi Terbanding, karena kesalahan atau kelalaian penjual dalam melaporkan faktur tidak boleh merugikan pembeli yang telah memenuhi kewajibannya.
Putusan ini memberikan implikasi penting bagi praktik perpajakan di Indonesia, khususnya dalam memperkuat kepastian hukum bagi Wajib Pajak yang menghadapi kendala konfirmasi faktur. Hal ini menjadi preseden bahwa dokumen arus uang (bukti bayar) dan arus barang adalah instrumen bukti paling krusial dalam mematahkan asumsi koreksi otomatis akibat jawaban konfirmasi "Tidak Ada". Bagi Wajib Pajak lain, kasus ini menjadi pengingat untuk selalu mendokumentasikan bukti transaksi secara komprehensif guna menghindari risiko beban pajak ganda akibat ketidakpatuhan pihak lawan transaksi.
'Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini'