Sengketa bermula ketika Direktorat Jenderal Pajak (DJP) melakukan koreksi atas Dasar Pengenaan Pajak (DPP) PPN Masa Pajak April 2019 sebesar Rp13.295.405.395,00 terhadap PT MSP. Koreksi ini didasarkan pada metode ekualisasi, di mana Terbanding menemukan selisih antara peredaran usaha yang dilaporkan dalam SPT PPh Badan dengan DPP PPN dalam SPT Masa PPN, yang diasumsikan sebagai penyerahan yang belum dipungut pajaknya.
Inti konflik terletak pada perbedaan interpretasi data antara otoritas pajak dan wajib pajak. Terbanding bersikuh bahwa berdasarkan arus uang dan data buku besar, terdapat penerimaan yang merupakan objek PPN namun belum dilaporkan. Di sisi lain, PT MSP membantah keras dengan argumen bahwa selisih tersebut hanyalah masalah timing difference (perbedaan waktu pengakuan) dan adanya pembatalan faktur pajak yang sudah diperhitungkan secara akuntansi namun belum tersinkronisasi sempurna dalam data formal Terbanding.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya menekankan bahwa dalam hukum acara perpajakan, beban pembuktian material ada pada Terbanding untuk menunjukkan secara spesifik penyerahan Barang Kena Pajak (BKP) atau Jasa Kena Pajak (JKP) mana yang belum dipungut PPN-nya. Majelis menilai bahwa ekualisasi yang hanya didasarkan pada selisih angka tanpa rincian transaksi riil tidak dapat dijadikan dasar tunggal koreksi. Setelah memeriksa bukti invoice, arus bank, dan faktur pajak yang disajikan PT MSP, Majelis berkesimpulan bahwa seluruh penyerahan telah dikenakan PPN pada masa-masa yang bersangkutan.
Implikasi dari putusan ini menegaskan bahwa metode ekualisasi hanyalah alat deteksi dini dan bukan bukti absolut adanya objek pajak yang terutang. Wajib pajak yang memiliki dokumentasi arus dokumen (invoice ke faktur pajak) dan arus uang yang sinkron memiliki posisi kuat untuk membatalkan koreksi ekualisasi yang bersifat administratif. Putusan ini menjadi preseden penting bahwa kebenaran materiil harus diutamakan di atas sekadar perbandingan angka antar laporan.
'Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini'