Koreksi Dasar Pengenaan Pajak (DPP) PPN yang didasarkan pada metode tidak langsung berupa gross up atas temuan Pajak Masukan yang tidak dicatatkan sering kali menjadi titik krusial sengketa di Pengadilan Pajak. Dalam sengketa PT SBS, Direktur Jenderal Pajak (DJP) melakukan koreksi positif atas peredaran usaha setelah menemukan bukti transaksi pembelian melalui data konfirmasi faktur pajak dari lawan transaksi yang tidak diakui oleh Wajib Pajak dalam pembukuannya.
Inti konflik dalam perkara ini berpusat pada validitas metode gross up yang digunakan oleh Tergugat. DJP berargumen bahwa adanya pembelian BKP yang tidak dilaporkan secara otomatis mengindikasikan adanya penjualan atas barang tersebut yang juga tidak dilaporkan (asumsi barang keluar). Di sisi lain, PT SBS sebagai Penggugat menyanggah dengan argumen bahwa koreksi tersebut hanya bersifat analisis administratif dan tidak didukung bukti riil penyerahan barang, identitas pembeli, maupun arus uang masuk sebagaimana dipersyaratkan dalam Pasal 4 UU PPN.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya menegaskan bahwa data konfirmasi faktur pajak dari pihak ketiga (vendor) merupakan bukti otentik adanya transaksi pembelian. Mengingat Penggugat tidak dapat membuktikan keberadaan fisik barang tersebut sebagai persediaan (stock) di gudang, maka Majelis Hakim membenarkan asumsi hukum bahwa barang tersebut telah berpindah tangan atau diserahkan kepada pihak lain. Penggunaan margin laba kotor (Gross Profit Margin) sebesar 8,9% dalam metode gross up dinilai wajar.
Putusan ini memiliki implikasi signifikan bagi Wajib Pajak, khususnya dalam menjaga integritas pencatatan setiap faktur pajak masukan yang diterima. Kasus PT SBS menjadi pengingat keras bagi perusahaan untuk melakukan rekonsiliasi berkala antara data internal dengan data pada sistem e-Faktur DJP. Ketiadaan bukti fisik persediaan atas pembelian yang tidak dilaporkan akan membuat argumen bantahan Wajib Pajak menjadi lemah di hadapan Majelis Hakim.
Strategi mitigasi risiko harus difokuskan pada penguatan sistem pengendalian internal atas dokumen transaksi agar seluruh arus barang dapat dipertanggungjawabkan secara hukum.