Polemik pengenaan Pajak Penghasilan (PPh) pada sektor pelayaran kembali mencuat dalam putusan Pengadilan Pajak yang mengabulkan seluruh permohonan banding PT IP atas koreksi Dasar Pengenaan Pajak (DPP) PPh Pasal 23 Masa Pajak Mei 2019 senilai Rp7,99 Miliar. Sengketa ini secara fundamental mempersoalkan apakah pembayaran atas jasa transportasi laut/pelayaran dalam negeri harus dikenakan pemotongan PPh Pasal 23 (tarif 2%) atau tunduk pada ketentuan PPh Pasal 15 Final (tarif 1,2% dari peredaran bruto) berdasarkan prinsip lex specialis derogat legi generali.
Direktorat Jenderal Pajak (DJP) melakukan koreksi dengan berargumen bahwa pembayaran kepada penyedia jasa merupakan imbalan atas Jasa Lain sesuai PMK No. 141/PMK.03/2015, sehingga wajib dipotong PPh Pasal 23 oleh PT IP sebagai pembayar. Koreksi ini didasarkan pada temuan bahwa tidak ada bukti pemotongan PPh Pasal 23 yang dilaporkan atas biaya jasa tersebut, yang pada dasarnya diklasifikasikan sebagai less than arm's length transaction dari perspektif DJP terhadap kepatuhan pemotongan pajak. PT IP, selaku Pemohon Banding, memberikan perlawanan yang kokoh. Perusahaan berargumen bahwa jasa pengiriman barang melalui laut tersebut secara spesifik diatur dalam Pasal 15 Undang-Undang PPh. Lebih lanjut, ketentuan pelaksanaannya melalui Peraturan Pemerintah Nomor 17 Tahun 1994 dan Keputusan Menteri Keuangan Nomor 417/KMK.04/1996 menetapkan bahwa penghasilan yang diterima Wajib Pajak Perusahaan Pelayaran Dalam Negeri dari kegiatan pengangkutan dikenakan Norma Penghitungan Khusus (NPK) dengan PPh Final sebesar 1,2%. Argumentasi utama PT IP adalah ketentuan PPh Final Pasal 15 bersifat khusus (lex specialis) dan wajib diutamakan daripada ketentuan PPh Pasal 23 (lex generalis), sehingga kewajiban pemotongan PPh Pasal 23 atas transaksi ini otomatis gugur.
Dalam pertimbangan hukumnya, Majelis Hakim Pengadilan Pajak secara definitif mengidentifikasi bahwa jasa yang disengketakan adalah jasa pengangkutan atau pelayaran dalam negeri. Majelis kemudian mempertegas prinsip hukum bahwa ketentuan PPh Pasal 15 merupakan ketentuan khusus yang mengatur pengenaan pajak atas penghasilan perusahaan pelayaran secara final. Adanya aturan khusus yang mengatur pengenaan PPh Final ini menyebabkan penghasilan tersebut tidak lagi menjadi objek pemotongan PPh Pasal 23, yang sifatnya tidak final. Dengan pembuktian yang cukup dari PT IP mengenai sifat transaksi dan subjek pajaknya, Majelis Hakim menyimpulkan bahwa koreksi DPP PPh Pasal 23 Terbanding senilai Rp7,99 Miliar tidak memiliki dasar hukum yang kuat dan harus dibatalkan. Putusan ini mengabulkan permohonan banding PT IP seluruhnya.
Putusan ini memiliki implikasi signifikan sebagai preseden yurisprudensi, terutama dalam menanggapi upaya DJP mengklasifikasikan jasa tertentu sebagai "Jasa Lain" PPh Pasal 23. Keputusan ini menegaskan kembali hierarki hukum pajak, di mana norma khusus (PPh Pasal 15 Final) mengunci jenis penghasilan tersebut dari pemotongan PPh Non-Final (PPh Pasal 23). Bagi Wajib Pajak pengguna jasa pelayaran, penting untuk memastikan dokumentasi kontrak yang sangat rinci, memisahkan unsur biaya yang murni pengangkutan (freight) dari jasa lain (seperti handling charge atau agency fee) yang mungkin tetap terutang PPh Pasal 23.
Sengketa PT IP ini secara tegas menunjukkan bahwa dalam penentuan kewajiban pemotongan pajak, substansi transaksi dan adanya ketentuan PPh Final yang bersifat lex specialis harus menjadi rujukan utama. Kemenangan WP di tingkat banding ini memberikan kepastian bahwa jasa pelayaran dalam negeri tetap dikenakan PPh Final Pasal 15, sehingga tidak ada kewajiban pemotongan PPh Pasal 23 atas transaksi murni pengangkutan tersebut.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini