Sengketa ini berfokus pada keabsahan administratif prosedur penelitian keberatan sebagaimana diatur dalam Pasal 23 ayat (2) huruf d UU KUP dan PMK Nomor 9/PMK.03/2013. PT JJSW (Penggugat) mendalilkan bahwa Keputusan Keberatan yang diterbitkan oleh Direktorat Jenderal Pajak (Tergugat) cacat hukum karena Tim Peneliti Keberatan dianggap tidak memiliki wewenang sah akibat tidak diperlihatkannya Surat Tugas selama proses pembahasan. Selain itu, Penggugat mengeklaim adanya error in persona terkait nomor surat keberatan yang dijadikan dasar oleh Tergugat.
Inti konflik bermula ketika Penggugat merasa hak-hak proseduralnya dilanggar karena Tergugat tidak menyerahkan salinan Surat Tugas Peneliti Keberatan saat diminta. Penggugat berargumen bahwa tanpa Surat Tugas yang dapat diverifikasi secara fisik, segala tindakan administrasi yang dilakukan oleh Tim Peneliti adalah tidak sah dan melanggar Asas-Asas Umum Pemerintahan yang Baik (AUPB). Di sisi lain, Tergugat menegaskan bahwa Surat Tugas telah diterbitkan melalui sistem informasi perpajakan dan kewajiban petugas hanyalah "memperlihatkan" identitas serta surat tugas, bukan memberikan salinannya.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak menyatakan bahwa dalil Penggugat tidak berdasar. Hakim melakukan pembedaan yuridis antara kewajiban "memperlihatkan" dengan "memberikan" dokumen naskah dinas internal. Karena Tergugat mampu membuktikan keberadaan Surat Tugas dalam sistem SIDJP dan telah menunjukkannya saat SPUH, maka prosedur tersebut dinyatakan sah. Mengenai isu error in persona, Majelis menemukan bukti bahwa Penggugat sendiri dalam Surat Kuasa Khususnya mencantumkan nomor surat keberatan yang sama, sehingga dalil tersebut gugur demi hukum.
Implikasi dari putusan ini menegaskan bahwa kepatuhan formal dalam hukum acara perpajakan harus dibuktikan dengan fakta dokumen yang konsisten. Wajib Pajak tidak dapat membatalkan sebuah keputusan hanya berdasarkan persepsi prosedural jika pejabat yang berwenang telah menjalankan fungsi administratifnya sesuai standar operasional internal yang terverifikasi. Putusan ini menjadi pengingat bagi praktisi litigasi untuk lebih teliti dalam sinkronisasi nomor surat korespondensi sejak tahap awal sengketa.