Kepatuhan terhadap asas-asas umum pemerintahan yang baik dan formalitas hukum dalam prosedur perpajakan merupakan pilar utama kepastian hukum yang tidak dapat dikesampingkan oleh otoritas pajak. Dalam sengketa antara PT JJSW melawan Direktorat Jenderal Pajak (DJP), aspek formalitas menjadi penentu utama ketika Majelis Hakim Pengadilan Pajak memutuskan untuk membatalkan seluruh produk hukum yang dihasilkan dari proses pemeriksaan yang dianggap cacat hukum sejak awal. Inti sengketa ini berfokus pada legalitas Surat Perintah Pemeriksaan (SP2) yang ditandatangani oleh pejabat yang tidak memiliki atribusi kewenangan yang sah menurut undang-undang dan peraturan tata naskah dinas.
Konflik bermula saat Tergugat menerbitkan SKPKB PPN Masa Pajak Oktober 2017 berdasarkan hasil pemeriksaan. Namun, Penggugat (PT JJSW) melalui kuasa hukumnya, Dr. Alessandro Rey, mengajukan gugatan dengan argumen fundamental bahwa proses pemeriksaan tersebut tidak sah (void ab initio). Penggugat mendalilkan bahwa SP2 yang menjadi dasar pemeriksaan ditandatangani oleh pejabat yang tidak berwenang, sehingga melanggar Pasal 29 dan Pasal 31 UU KUP serta UU Administrasi Pemerintahan. Di sisi lain, Tergugat bersikeras bahwa prosedur telah dijalankan sesuai standar operasional dan administrasi internal DJP, serta menekankan bahwa materi sengketa seharusnya diuji pada level subtansi pajak, bukan sekadar formalitas dokumen.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya menekankan bahwa prosedur pemeriksaan pajak adalah rangkaian tindakan administratif yang harus tunduk pada asas kecermatan dan kepastian hukum. Hakim menemukan fakta hukum bahwa penandatanganan SP2 dilakukan oleh pihak yang tidak memiliki mandat atau delegasi wewenang yang tepat sesuai dengan Peraturan Menteri Keuangan mengenai tata naskah dinas di lingkungan Kementerian Keuangan. Kegagalan otoritas pajak dalam membuktikan keabsahan wewenang penandatangan dokumen dinas tersebut mengakibatkan seluruh proses pemeriksaan kehilangan landasan legalitasnya. Akibatnya, SKPKB yang lahir dari proses yang cacat tersebut dinyatakan tidak memiliki kekuatan hukum mengikat.
Putusan ini memberikan implikasi serius bagi praktik perpajakan di Indonesia, menegaskan bahwa kebenaran materiil tidak dapat ditegakkan melalui prosedur yang melanggar hukum formal. Bagi Wajib Pajak, kasus ini menjadi pelajaran krusial untuk selalu meneliti aspek formal dokumen penugasan sejak awal pemeriksaan. Kesimpulan dari sengketa ini adalah bahwa perlindungan hukum Wajib Pajak tetap terjamin selama prosedur administrasi yang dilakukan oleh otoritas pajak tidak sejalan dengan ketentuan perundang-undangan yang berlaku.