Direktorat Jenderal Pajak (DJP) secara konsisten menggunakan koreksi primer Pajak Penghasilan (PPh) Badan sebagai fondasi untuk melakukan koreksi sekunder Dasar Pengenaan Pajak (DPP) Pajak Pertambahan Nilai (PPN) atas penyerahan Barang Kena Pajak (BKP) yang melibatkan hubungan istimewa, sebagaimana diatur dalam Pasal 2 ayat (1) Undang-Undang PPN. Kasus PT IP dalam Putusan Pengadilan Pajak Nomor PUT-009419.16/2024/PP/M.IB Tahun 2025 menjadi penegasan krusial mengenai urgensi dokumentasi harga transfer yang komprehensif, khususnya dalam konteks secondary adjustment PPN atas transaksi afiliasi domestik, yang berakhir dengan ditolaknya permohonan banding Wajib Pajak.
Inti konflik dalam perkara ini berpusat pada koreksi DPP PPN sebesar Rp1.127.849.199,00 yang muncul sebagai konsekuensi langsung dari koreksi harga jual lokal yang ditetapkan DJP pada sengketa PPh Badan. DJP, sebagai Terbanding, berargumen bahwa harga jual yang ditetapkan PT IP kepada pihak afiliasi berada di bawah harga pasar wajar (Arm's Length Price), sehingga wajib dilakukan penyesuaian (koreksi) untuk merefleksikan harga yang seharusnya sesuai dengan prinsip kewajaran dan kelaziman usaha (PKKU). Secara yuridis, DJP mendasarkan kewenangannya pada Pasal 18 ayat (3) UU PPh dan Pasal 2 ayat (1) UU PPN.
PT IP, selaku Pemohon Banding, melakukan perlawanan dengan dua dalil kunci. Pertama, mereka mengklaim telah menerapkan PKKU menggunakan metode Comparable Uncontrolled Price (CUP) Eksternal dan telah melakukan penyesuaian komparabilitas (termasuk biaya kargo, kemasan, dan diskon) secara konsisten sesuai pedoman OECD. Kedua, PT IP mengajukan isu formal mengenai ketidakabsahan SKPKB PPN yang ditandatangani oleh Pelaksana Harian (Plh) Kepala KPP, serta risiko pemajakan ganda (double taxation) akibat tidak dilakukannya Corresponding Adjustment oleh DJP kepada pihak afiliasi pembeli.
Dalam pertimbangan hukumnya, Majelis Hakim Pengadilan Pajak secara mutlak menolak dalil formal Wajib Pajak, menegaskan bahwa kewenangan penandatanganan SKPKB adalah kewenangan jabatan yang sah dilimpahkan kepada Plh. Lebih lanjut, mengenai substansi sengketa, Majelis Hakim mempertahankan koreksi Terbanding. Majelis berpendapat bahwa Wajib Pajak gagal memenuhi beban pembuktiannya. Meskipun PT IP mengklaim telah melakukan berbagai penyesuaian harga, mereka tidak mampu menyajikan dokumen pendukung yang detail dan andal untuk memvalidasi besaran penyesuaian tersebut. Dengan demikian, karena koreksi primer PPh Badan dianggap sah (karena kegagalan pembuktian), koreksi sekunder PPN atas DPP wajib dipertahankan sesuai harga jual wajar yang telah ditetapkan DJP.
Keputusan Majelis Hakim untuk menolak banding ini memiliki implikasi signifikan. Bagi Wajib Pajak yang memiliki transaksi afiliasi domestik, putusan ini menjadi pengingat keras bahwa kepatuhan tidak hanya berhenti pada penentuan metode Transfer Pricing, tetapi pada kekuatan dan rincian dokumen pendukung setiap penyesuaian komparabilitas. Selain itu, putusan ini menggarisbawahi tantangan Corresponding Adjustment dalam konteks domestik, di mana meskipun berpotensi menimbulkan double taxation di tingkat kelompok usaha, kegagalan membuktikan PKKU tetap menjadi faktor penentu kekalahan Wajib Pajak di pengadilan. Ke depan, Wajib Pajak wajib memitigasi risiko dengan memastikan DPP PPN disinkronkan sepenuhnya dengan harga transfer yang telah lolos uji PKKU, dan menyiapkan dokumentasi yang bulletproof untuk setiap elemen penyesuaian.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini.