Penetapan harga transfer (transfer pricing) atas penyerahan Palm Kernel (PK) kepada pihak afiliasi menjadi titik sentral sengketa PPN antara PT SC dan Direktorat Jenderal Pajak (DJP). Majelis Hakim Pengadilan Pajak menegaskan bahwa penggunaan metode Comparable Uncontrolled Price (CUP) harus didukung oleh data pembanding yang transparan, handal, dan dapat diverifikasi untuk memenuhi kriteria Prinsip Kewajaran dan Kelaziman Usaha (PKKU) sebagaimana diatur dalam Pasal 18 ayat (3) UU PPh dan PER-32/PJ/2011.
Konflik bermula ketika Terbanding melakukan koreksi positif atas DPP PPN sebesar Rp1,9 miliar karena menilai harga penjualan PK kepada PT Wilmar Nabati Indonesia (WNI) dan PT Multimas Nabati Asahan (MNA) berada di bawah harga pasar wajar. Terbanding menggunakan data harga lelang PT Astra Agro Lestari (AAL) sebagai pembanding eksternal yang dianggap mencerminkan harga pasar terbuka. Sebaliknya, Pemohon Banding bersikukuh bahwa transaksi mereka telah wajar dengan merujuk pada harga pembelian pihak afiliasi dari pihak ketiga (internal-external comparable), serta berargumen bahwa tidak ada motif penghindaran pajak karena tarif PPh Badan yang sama di antara anggota grup.
Majelis Hakim dalam pertimbangannya menolak argumen Pemohon Banding dan memperkuat koreksi Terbanding. Hakim menilai bahwa data pembanding yang diajukan Pemohon Banding bersifat tertutup dan tidak disertai analisis kesebandingan yang mendalam dalam Dokumen Transfer Pricing (TP Doc). Penggunaan data lelang STELA dari PT AAL dianggap lebih objektif karena merupakan platform lelang yang diikuti banyak peserta dan menjadi acuan pasar yang diakui secara luas. Putusan ini menegaskan bahwa kepatuhan formal dalam menyediakan TP Doc tidak cukup tanpa kualitas substansi analisis kesebandingan yang kuat.
Implikasi dari putusan ini memberikan sinyal keras bagi Wajib Pajak untuk lebih selektif dan rigid dalam memilih data pembanding. Ketiadaan penyesuaian (adjustment) yang akurat atas perbedaan kondisi transaksi akan membuat posisi Wajib Pajak rentan dalam sengketa litigasi. Meskipun sengketa ini berada di ranah PPN, akar permasalahannya adalah eksistensi hubungan istimewa yang memicu reklasifikasi nilai transaksi. Putusan ini menjadi preseden penting bahwa transparansi data pembanding adalah kunci utama dalam memenangkan sengketa harga transfer di Indonesia.