Surat Direktur Jenderal Pajak yang bersifat prosedural dan tidak final secara hukum merupakan objek yang prematur untuk disengketakan melalui jalur gugatan di Pengadilan Pajak. Dalam perkara PT JJSW, sengketa bermula dari diterbitkannya Surat Nomor S-550/PJ/WPJ.32/2023 yang mengembalikan permohonan pengurangan atau pembatalan ketetapan pajak yang tidak benar (Pasal 36 ayat (1) huruf b UU KUP) milik Wajib Pajak. Tergugat (DJP) mengembalikan berkas tersebut dengan alasan formal, yakni adanya ketidaksesuaian identitas pada surat kuasa yang menandatangani permohonan. Penggugat memandang tindakan ini sebagai pelanggaran prosedur administratif dan penyalahgunaan wewenang karena surat diterbitkan oleh Kepala Kanwil, bukan Direktur Jenderal Pajak secara langsung.
Inti konflik dalam persidangan berpusat pada kualifikasi Surat Pengembalian (S-550) sebagai Keputusan Tata Usaha Negara (KTUN) yang dapat digugat. Penggugat berargumen bahwa tindakan pengembalian tersebut telah menutup hak administratif mereka untuk mendapatkan keputusan substansial atas SKPKB PPh Pasal 23 yang dianggap cacat hukum. Di sisi lain, Tergugat menegaskan bahwa surat tersebut hanyalah pemberitahuan mengenai ketidakterpenuhan syarat formal yang belum memberikan keputusan akhir atas substansi permohonan, sehingga belum menimbulkan akibat hukum yang definitif bagi Wajib Pajak.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya menekankan syarat kumulatif KTUN yang dapat menjadi objek sengketa: konkret, individual, dan final. Majelis menemukan fakta bahwa dalam surat S-550 tersebut, Tergugat secara eksplisit memberikan ruang bagi Penggugat untuk mengajukan kembali permohonannya setelah melengkapi persyaratan formal yang diminta. Hal ini selaras dengan ketentuan Pasal 15 ayat (4) PMK-8/PMK.03/2013. Karena permohonan masih dapat diajukan ulang dan belum ada penolakan substantif, Majelis berpendapat bahwa objek gugatan belum bersifat final.
Analisis atas putusan ini menunjukkan bahwa Pengadilan Pajak sangat ketat dalam menjaga yurisdiksi absolutnya, terutama terkait asas preliminary ruling. Putusan "Tidak Dapat Diterima" ini memberikan implikasi penting bagi PT JJSW dan Wajib Pajak lainnya bahwa langkah administratif berupa pemenuhan syarat formal (seperti validitas surat kuasa) adalah harga mati sebelum melangkah ke ranah litigasi. Kegagalan dalam memenuhi syarat formal pada tahap permohonan administratif tidak seharusnya langsung dibawa ke pengadilan jika regulasi masih memungkinkan adanya pengajuan ulang.
Kesimpulannya, sengketa ini menegaskan bahwa tidak semua surat yang diterbitkan oleh otoritas pajak otomatis menjadi objek gugatan. Wajib Pajak harus jeli membedakan antara tindakan administratif yang bersifat informatif/prosedural dengan keputusan yang telah bersifat final (menimbulkan hak dan kewajiban hukum baru). Strategi litigasi yang tepat haruslah didahului dengan penguatan prosedur administratif di tingkat internal Direktorat Jenderal Pajak.