Sengketa perpajakan antara PT PPI dan Direktorat Jenderal Pajak (DJP) menyoroti kompleksitas penerapan Pasal 9 ayat (5) UU PPN terkait pengkreditan Pajak Masukan bagi pengusaha dengan penyerahan campuran. Fokus utama perkara ini adalah interpretasi atas biaya bersama (joint cost) di Kantor Pusat yang digunakan untuk mendukung unit bisnis dengan status PPN yang berbeda, yaitu penyerahan terutang dan penyerahan yang dibebaskan.
Inti konflik bermula ketika DJP melakukan koreksi positif atas Pajak Masukan Kantor Pusat PT PPI Masa Pajak Desember 2021 sebesar Rp313.384.140,00. Otoritas pajak berpendapat bahwa karena PT PPI memiliki lini bisnis penjualan listrik yang dibebaskan PPN (PLTBg Sei Mangkei) di samping jasa sewa PLTS yang terutang PPN, maka Pajak Masukan atas biaya operasional Kantor Pusat yang bersifat umum tidak dapat dikreditkan sepenuhnya. DJP menggunakan formula proporsionalitas sesuai PMK 78/2010 karena menganggap biaya tersebut tidak dapat dipisahkan secara pasti peruntukannya. Sebaliknya, PT PPI bersikeras bahwa mereka telah menerapkan pembukuan terpisah secara sistematis dalam SAP, di mana Pajak Masukan yang dikreditkan hanyalah yang berkaitan dengan unit bisnis terutang PPN.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak dalam pertimbangan hukumnya menegaskan bahwa pembuktian adanya "pembukuan terpisah" tidak cukup hanya dengan klaim sistematis, melainkan harus tercermin dalam penggunaan nyata di lapangan. Hakim menemukan fakta persidangan bahwa terdapat pengeluaran di Kantor Pusat yang secara substansi masih berkaitan dengan pembangunan infrastruktur unit bisnis yang dibebaskan. Karena PT PPI tidak dapat membuktikan secara rinci bahwa biaya Kantor Pusat tersebut murni 100% untuk penyerahan terutang, Majelis mendukung langkah DJP yang menerapkan penghitungan kembali secara proporsional demi menjamin keadilan bagi negara dan kepastian hukum bagi wajib pajak.
Implikasi dari putusan ini memberikan peringatan keras bagi perusahaan dengan struktur penyerahan beragam agar lebih teliti dalam melakukan klasifikasi Pajak Masukan sejak tahap perolehan. Kegagalan dalam membuktikan hubungan langsung antara Pajak Masukan dengan penyerahan yang terutang PPN akan memaksa wajib pajak tunduk pada mekanisme pro-rata yang sering kali merugikan posisi arus kas perusahaan. Kesimpulannya, ketegasan Majelis Hakim menunjukkan bahwa prinsip direct-use dalam PPN tetap menjadi instrumen utama dalam menguji validitas pengkreditan Pajak Masukan.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini