Ketidakkonsistenan data dalam dokumentasi perpajakan merupakan risiko laten yang sering diabaikan oleh Wajib Pajak dalam menghadapi pemeriksaan lapangan. Dalam sengketa antara PT MSP dan Direktorat Jenderal Pajak (DJP), Majelis Hakim mengukuhkan koreksi Pajak Masukan sebesar Rp322.839.810,00 atas pembelian cangkang (Palm Kernel Shell) dari pihak ketiga. Inti konflik bermula ketika Terbanding menemukan fakta dalam Transfer Pricing Documentation (TP Doc) tahun 2019 milik Wajib Pajak yang secara eksplisit menyatakan bahwa 100% pembelian bahan baku non-komoditas dilakukan dari pihak afiliasi. Namun, dalam SPT PPN, Wajib Pajak justru mengkreditkan Pajak Masukan dari sebelas pemasok yang diklaim sebagai pihak ketiga.
Pemohon Banding berargumen bahwa kesalahan penyajian dalam TP Doc hanyalah kesalahan administratif (tipografi) dan tidak seharusnya menegasikan eksistensi transaksi yang didukung oleh bukti arus kas serta dokumen jalan. Akan tetapi, Majelis Hakim berpendapat bahwa TP Doc adalah dokumen formal yang mencerminkan profil bisnis sebenarnya. Lebih jauh, hasil penelitian menunjukkan bahwa para pemasok tersebut tidak memiliki izin pabrik pengolah sawit, sehingga diragukan kapasitasnya untuk menyediakan limbah cangkang dalam jumlah besar. Resolusi hukum ini menegaskan bahwa bukti formal berupa Faktur Pajak dan arus uang saja tidak cukup jika bertentangan dengan profil bisnis yang dinyatakan dalam dokumen legal perusahaan lainnya. Implikasi dari putusan ini mewajibkan perusahaan untuk memastikan sinkronisasi data antar seluruh dokumen kepatuhan (SPT, TP Doc, dan Laporan Keuangan) guna menghindari koreksi atas dasar transaksi tidak nyata.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini