Penentuan Dasar Pengenaan Pajak (DPP) Pajak Pertambahan Nilai (PPN) selalu menjadi isu krusial dalam pemeriksaan pajak, terutama ketika koreksi tersebut merupakan dampak sekunder (secondary adjustment) dari sengketa Pajak Penghasilan (PPh) Badan. Kasus PT FI yang tertuang dalam Putusan Pengadilan Pajak Nomor PUT-003532.16/2024/PP/M.XVA Tahun 2025, secara tegas menyoroti ketidakabsahan metode penentuan DPP PPN yang hanya didasarkan pada perhitungan Gross-Up Harga Pokok Penjualan (HPP) tanpa didukung bukti adanya penyerahan Barang Kena Pajak (BKP) yang belum dilaporkan. Direktorat Jenderal Pajak (DJP) melakukan koreksi DPP PPN sebesar Rp9.517.776.334,00 dengan asumsi adanya penjualan yang tidak dilaporkan, yang mana asumsi ini didasarkan pada selisih antara HPP yang dilaporkan Wajib Pajak dan data impor Bea Cukai.
Inti konflik ini adalah perbedaan filosofis penentuan objek pajak. DJP berpegangan pada ketentuan Pasal 29 UU KUP untuk menggunakan metode tidak langsung (Gross-Up HPP), menganggap perbedaan data HPP/Impor menunjukkan indikasi kuat adanya penyerahan yang terutang PPN. Sebaliknya, Pemohon Banding berargumen bahwa penentuan DPP PPN harus merujuk pada Pasal 4 ayat (1) UU PPN, yang secara eksplisit mensyaratkan adanya penyerahan BKP/JKP. Mereka menolak koreksi secondary adjustment tersebut karena dianggap hanya berdasarkan asumsi matematis semata, tanpa adanya bukti faktur pajak atau dokumen penyerahan yang nyata.
Pendapat hukum Majelis Hakim secara komprehensif menguatkan bantahan Wajib Pajak. Majelis memandang bahwa koreksi secondary adjustment PPN ini terikat erat dengan sengketa PPh Badan, di mana metode Gross-Up HPP sebagai dasar koreksi Peredaran Usaha juga tidak dapat dipertahankan. Konsistensi ini menjadi kunci; jika dasar koreksi PPh (adanya penjualan yang belum dilaporkan) gugur, maka koreksi secondary adjustment PPN (DPP Penyerahan) secara otomatis juga tidak dapat dipertahankan. Putusan ini menegaskan bahwa otoritas pajak tidak dapat mengenakan PPN hanya berdasarkan rekonsiliasi matematis atau asumsi, melainkan harus dibuktikan secara substansi adanya peristiwa hukum penyerahan BKP/JKP yang terutang PPN.
Implikasi putusan ini sangat signifikan bagi Wajib Pajak yang sering menghadapi koreksi secondary adjustment PPN berbasis transfer pricing atau rekonsiliasi data. Putusan ini menjadi preseden kuat bahwa Wajib Pajak harus memiliki dokumentasi dan narasi yang koheren antara data impor, HPP, dan pelaporan PPN Keluaran.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini