Kepastian hukum dalam pengkreditan Pajak Masukan kembali diuji saat otoritas pajak melakukan koreksi negatif atas dasar jawaban konfirmasi faktur pajak yang dinyatakan "Tidak Ada". Meskipun Pasal 9 ayat (8) huruf f UU PPN mengatur syarat formal, keadilan substansial tetap menjadi poros utama dalam memutus sengketa pembeli beriktikad baik.
Sengketa ini bermula ketika Terbanding melakukan koreksi negatif atas Pajak Masukan Masa Pajak Juli 2013 milik PT IMT sebesar Rp1.316.332.691. Dasar koreksi tersebut adalah hasil konfirmasi faktur pajak yang dikirimkan kepada Kantor Pelayanan Pajak (KPP) tempat lawan transaksi terdaftar menunjukkan status "Tidak Ada" atau belum dilaporkan oleh penerbit faktur pajak dalam SPT Masa PPN mereka. Terbanding menegaskan bahwa sesuai ketentuan formal, Pajak Masukan yang tidak dapat dikonfirmasi kebenarannya melalui sistem informasi perpajakan tidak dapat diperhitungkan sebagai pengurang pajak terutang.
Di sisi lain, PT IMT selaku Pemohon Banding memberikan bantahan keras dengan menunjukkan bukti-bukti material yang komprehensif. Pemohon Banding membuktikan bahwa seluruh transaksi perolehan Barang Kena Pajak (BKP) atau Jasa Kena Pajak (JKP) telah disertai dengan pembayaran yang sah, termasuk pelunasan PPN kepada penjual. Pemohon Banding berargumen bahwa mereka adalah pembeli beriktikad baik yang telah memenuhi kewajiban perpajakannya, dan kegagalan penjual dalam menyetorkan atau melaporkan PPN tersebut adalah ranah pengawasan otoritas pajak terhadap penjual, bukan menjadi beban pembeli.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya menitikberatkan pada prinsip arus uang dan arus barang. Setelah memeriksa dokumen sumber berupa invoice, Faktur Pajak, serta bukti pemindahbukuan bank (rekening koran), Majelis meyakini bahwa transaksi tersebut adalah riil dan PPN telah dibayar oleh Pemohon Banding. Majelis Hakim berpandapat bahwa selama syarat formal Faktur Pajak terpenuhi dan syarat material berupa arus uang/barang terbukti, maka hak pengkreditan Pajak Masukan tetap sah secara hukum, terlepas dari apakah penjual telah melaporkannya atau belum.
Putusan ini menegaskan kembali perlindungan hukum bagi Wajib Pajak yang patuh. Implikasinya, otoritas pajak tidak dapat serta-merta menggugurkan hak pengkreditan Pajak Masukan hanya berdasarkan kendala administratif pada sistem internal DJP atau ketidakpatuhan pihak ketiga. Kesimpulannya, penguatan dokumentasi bukti bayar (arus uang) menjadi strategi krusial bagi Wajib Pajak dalam memenangkan sengketa serupa di tingkat banding.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini