Putusan Pengadilan Pajak Nomor PUT-012207.16/2023/PP/M.IIIA Tahun 2025 memberikan penegasan hukum fundamental mengenai hak Wajib Pajak dalam memilih mekanisme perhitungan Pajak Pertambahan Nilai (PPN), khususnya bagi entitas yang bergerak dalam Jasa Pengurusan Transportasi (JPT) yang berpotensi dikenakan Dasar Pengenaan Pajak (DPP) Nilai Lain sesuai PMK Nomor 75/PMK.03/2010. Poin krusial yang diangkat adalah sengketa koreksi Pajak Masukan (PM) sebesar Rp146.402.771,00 oleh Direktorat Jenderal Pajak (DJP) karena Wajib Pajak dianggap seharusnya menggunakan DPP Nilai Lain yang berkonsekuensi pada larangan pengkreditan PM terkait. Peristiwa ini memicu litigasi atas hak Wajib Pajak yang telah memilih untuk menggunakan mekanisme PPN normal dengan PPN Keluaran 10% dari total Harga Jual atau Penggantian.
Inti konflik dalam perkara ini adalah ketidaksepakatan antara Wajib Pajak dengan DJP mengenai sifat ketentuan DPP Nilai Lain pada JPT. DJP berargumen bahwa karena substansi penyerahan (KLU dan jenis layanan) mengarah pada freight forwarding, maka secara wajib berlaku ketentuan PMK yang menetapkan DPP 10% dari total tagihan dan secara mutlak melarang pengkreditan PM. Dalam pandangan DJP, Wajib Pajak telah melakukan kesalahan formal dengan menerbitkan Faktur Pajak berkode "01" (PPN Normal). Sebaliknya, Wajib Pajak membela diri bahwa ia telah secara sah memilih mekanisme PPN yang sesuai dengan UU PPN, yaitu menggunakan PPN Keluaran 10% dari DPP penuh (Harga Jual/Penggantian), sehingga berhak penuh mengkreditkan PM yang berhubungan langsung dengan kegiatan usahanya sesuai prinsip umum PPN. Wajib Pajak juga menyoroti inkonsistensi DJP yang hanya mencabut hak PM-nya tanpa mengoreksi PPN Keluaran yang telah disetor berlebih.
Dalam resolusi sengketa ini, Majelis Hakim secara tegas merujuk pada ketentuan yang lebih tinggi, yaitu Undang-Undang PPN. Majelis menilai bahwa Pasal 8A UU PPN tidak mengandung frasa yang bersifat memaksa Wajib Pajak untuk mengadopsi DPP Nilai Lain. Dengan demikian, jika Wajib Pajak memilih untuk menghitung PPN Keluaran berdasarkan DPP Harga Jual/Penggantian (mekanisme PPN Normal), maka pilihan tersebut adalah sah secara hukum. Konsekuensi langsungnya adalah bahwa ketentuan larangan pengkreditan Pajak Masukan, yang merupakan trade-off dari penggunaan DPP Nilai Lain (untuk menciptakan PPN yang lebih rendah), tidak dapat diterapkan.
Analisis dari putusan ini membawa dampak signifikan bagi Wajib Pajak yang bergerak dalam jasa yang diatur menggunakan DPP Nilai Lain. Putusan ini memperkuat prinsip bahwa ketentuan PPN yang diatur dalam Peraturan Menteri Keuangan tidak boleh bertentangan atau membatasi pilihan yang telah diberikan oleh Undang-Undang PPN. Implikasinya, bagi Wajib Pajak, selama mereka konsisten memungut PPN Keluaran 10% dari DPP Penuh (Harga Jual/Penggantian), mereka memiliki dasar hukum yang kuat untuk mempertahankan hak pengkreditan seluruh Pajak Masukannya, terlepas dari klasifikasi jenis jasa mereka sebagai JPT atau freight forwarding. Putusan ini juga menjadi peringatan bagi otoritas pajak untuk memastikan konsistensi dalam penerapan koreksi, di mana jika suatu transaksi dikategorikan sebagai Nilai Lain, maka PPN Keluaran dan Pajak Masukan harus dikoreksi secara simultan dan konsisten.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini