Polemik pengenaan PPN atas transaksi yang menggunakan fasilitas Masterlist seringkali menjadi titik sengketa krusial antara DJP dan Wajib Pajak di industri hulu migas. Sengketa ini berpusat pada koreksi Dasar Pengenaan Pajak (DPP) PPN Masa Pajak Juli 2022 terhadap CJO, di mana Terbanding menganggap invoice non-VAT kepada B Ltd sebagai penyerahan yang wajib dipungut PPN karena dianggap tidak memenuhi kriteria administratif fasilitas Masterlist. Substansi konflik terletak pada interpretasi apakah penyerahan material impor yang telah mendapatkan fasilitas PPN tidak dipungut melalui skema Masterlist oleh pemilik proyek (Principal) dapat langsung mengurangi nilai penyerahan jasa konstruksi terintegrasi oleh kontraktor EPC tanpa harus dipungut PPN kembali.
Terbanding (DJP) berargumen bahwa CJO selaku vendor seharusnya menerbitkan Faktur Pajak dengan kode transaksi 03 atas seluruh tagihan kepada B, mengingat CJO tidak dapat merinci secara spesifik porsi BKP Masterlist dalam setiap tagihan dan transaksi tersebut dicatat sebagai pendapatan oleh vendor. Di sisi lain, CJO membantah dengan tegas bahwa sebagai kontraktor proyek EPC "Turnkey", mereka telah melakukan rekonsiliasi berkala untuk memastikan PPN hanya dipungut atas sisa nilai kontrak yang tidak tercover oleh fasilitas Masterlist atas nama BP Berau. Hal ini sejalan dengan Perpres 57/2017 dan regulasi ESDM yang membolehkan pembebasan PPN atas impor barang untuk operasi perminyakan.
Majelis Hakim dalam pertimbangannya menggunakan pendekatan substance over form, menyatakan bahwa substansi penyerahan BKP/JKP untuk operasi perminyakan yang telah mendapatkan fasilitas Masterlist tidak boleh dianulir hanya karena kendala administratif atau pencatatan akuntansi. Hakim menilai bahwa pembebanan PPN atas material yang sudah mendapatkan fasilitas "Tidak Dipungut" akan mencederai kepastian hukum dan tujuan pemberian insentif di sektor migas. Terlebih lagi, hasil pemeriksaan pada pihak pembeli (BP Berau) tidak menunjukkan adanya sengketa atas transaksi serupa, sehingga konsistensi perlakuan pajak harus dijaga. Majelis Hakim akhirnya memutuskan untuk mengabulkan seluruh banding Pemohon Banding.
Implikasi dari putusan ini menegaskan bahwa integritas data rekonsiliasi antara nilai kontrak dan realisasi Masterlist adalah bukti vital dalam memenangkan sengketa PPN di sektor EPC. Wajib Pajak di industri serupa disarankan untuk memperkuat dokumentasi tracking material Masterlist guna menghindari koreksi serupa di masa depan. Putusan ini menjadi preseden positif bagi kepastian investasi di sektor strategis nasional yang mengandalkan insentif fiskal untuk efisiensi biaya proyek.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini