Regulasi perpajakan yang mengatur Pajak Pertambahan Nilai (PPN) bagi sektor jasa pengurusan transportasi (freight forwarding) kerap menimbulkan sengketa, terutama yang berkaitan dengan penerapan Dasar Pengenaan Pajak (DPP) Nilai Lain sesuai Peraturan Menteri Keuangan Nomor 121/PMK.03/2015. Dalam skema Nilai Lain, PPN dikenakan hanya sebesar 10% dari jumlah yang ditagih (efektif PPN 1%), yang berkonsekuensi pada hilangnya hak Wajib Pajak untuk mengkreditkan Pajak Masukan (PM). Putusan Pengadilan Pajak Nomor PUT-012203.16/2023/PP/M.IIIA Tahun 2025 menjadi studi kasus penting karena secara tegas menguji batas kewenangan otoritas pajak dalam memaksakan penggunaan skema Nilai Lain tersebut.
Inti konflik dalam putusan ini bermula dari koreksi Pajak Masukan oleh Direktorat Jenderal Pajak (DJP) terhadap PT ALT sebesar Rp151.435.195,00. DJP berargumen bahwa Wajib Pajak, yang secara substansi dan klasifikasi usaha adalah penyedia jasa freight forwarding, wajib menggunakan DPP Nilai Lain sesuai PMK Nomor 121/PMK.03/2015. Secara logis, jika skema Nilai Lain wajib diterapkan, maka sesuai Pasal 3 huruf d PMK tersebut, Pajak Masukan yang terkait secara otomatis tidak dapat dikreditkan, yang kemudian menjadi dasar koreksi. Namun, PT ALT bersikeras bahwa pada Masa Pajak sengketa, mereka telah memilih untuk menerapkan mekanisme PPN normal. Dalam mekanisme normal ini, Wajib Pajak memungut PPN 10% dari total nilai transaksi (DPP Penuh) dan menerbitkan Faktur Pajak berkode "01", yang secara fundamental memberikan hak untuk mengkreditkan Pajak Masukan sepanjang memenuhi syarat formal dan material Undang-Undang PPN.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak menganalisis sengketa ini berdasarkan prinsip hierarki dan subtansi hukum perpajakan. Majelis menegaskan bahwa berdasarkan Pasal 8A ayat (2) Undang-Undang PPN, penggunaan Nilai Lain bukanlah kewajiban, melainkan sebuah opsi penyederhanaan yang ditawarkan kepada Wajib Pajak. Dengan adanya pilihan ini, Wajib Pajak berhak memilih mekanisme PPN yang paling sesuai dengan kondisi usahanya. Karena PT ALT terbukti telah memungut PPN Keluaran berdasarkan DPP Penuh (mekanisme normal), maka dasar hukum koreksi DJP yang mengacu pada larangan pengkreditan PM dalam skema Nilai Lain menjadi tidak relevan dan gugur dengan sendirinya.
Resolusi hukum ini memiliki implikasi signifikan bagi sektor logistik dan jasa transportasi. Putusan Majelis Hakim telah memberikan kepastian hukum bahwa pilihan mekanisme PPN adalah hak Wajib Pajak. Selama Wajib Pajak secara konsisten menerbitkan Faktur Pajak Keluaran dengan PPN 10% dari DPP Penuh, dan mengkreditkan Pajak Masukan sesuai ketentuan umum, otoritas pajak tidak dapat memaksakan mekanisme Nilai Lain hanya berdasarkan klasifikasi KLU atau substansi jasa. Dengan mengabulkan seluruh permohonan banding Wajib Pajak, Putusan PUT-012203.16/2023/PP/M.IIIA Tahun 2025 menegaskan prinsip kehati-hatian dalam penentuan DPP PPN dan melindungi hak Wajib Pajak untuk mendapatkan kredit atas Pajak Masukan yang sah.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini
tpc.consulting 
tpc.consulting 
info@taxindo.co.id