Kegagalan pembuktian eksistensi Joint Operation (JO) secara administratif perpajakan berakibat fatal pada penetapan status sub-kontraktor dan munculnya kewajiban PPN yang tidak terduga. Sengketa ini berpusat pada koreksi DPP PPN atas aliran dana yang diklaim sebagai bagi hasil proyek tripartid namun diklasifikasikan oleh otoritas pajak sebagai imbalan jasa konstruksi.
Kasus ini melibatkan PT KKNS yang melakukan kerjasama dengan PT BBP dan PT PB untuk proyek pelebaran jalan. Terbanding melakukan koreksi positif DPP PPN sebesar Rp1.322.043.000 atas penerimaan uang dari PT BBP. Dasar koreksi Terbanding adalah hasil equalisasi yang menunjukkan adanya objek PPN yang belum dilaporkan. Terbanding berargumen bahwa karena JO tidak memiliki NPWP sendiri dan kontrak induk hanya ditandatangani oleh PT BBP, maka hubungan hukum yang terjadi adalah hubungan kontraktor utama dan sub-kontraktor (Pemohon Banding).
Pemohon Banding membantah dengan menyatakan bahwa transaksi tersebut merupakan pembagian hasil JO (Tripartid). Menurutnya, PPN atas seluruh proyek telah dipungut oleh Bendaharawan Negara pada saat pembayaran kepada PT BBP sebagai leader JO. Pemohon Banding berpendapat bahwa pengenaan PPN kembali atas aliran dana internal JO akan menimbulkan pajak ganda dan bertentangan dengan prinsip keadilan, mengingat dana tersebut merupakan bagian dari termin yang sudah dipajaki di tingkat pemberi kerja.
Majelis Hakim dalam pertimbangannya merujuk pada ketentuan SE-60/PJ/2013 yang mensyaratkan JO untuk memiliki NPWP tersendiri jika melakukan penyerahan barang/jasa atau menerima penghasilan. Karena JO tersebut tidak memiliki NPWP dan kontrak dengan Satker Kementerian PUPR hanya atas nama PT BBP secara tunggal, Majelis Hakim menegaskan bahwa secara hukum pajak, JO tersebut tidak eksis. Dampaknya, Pemohon Banding diposisikan sebagai sub-kontraktor dari PT BBP. Sebagai sub-kontraktor yang menyerahkan jasa kepada non-pemungut (PT BBP), Pemohon Banding wajib memungut PPN sendiri.
Putusan ini menegaskan bahwa formalitas administratif dalam bentuk NPWP JO dan struktur kontrak merupakan determinan utama dalam menentukan kewajiban perpajakan. Implikasinya, Wajib Pajak yang terlibat dalam konsorsium atau kerjasama operasi tanpa legalitas perpajakan yang lengkap berisiko tinggi terkena koreksi PPN atas arus kas internal mereka. Kesimpulannya, pengadilan menolak permohonan banding karena Pemohon Banding terbukti melakukan penyerahan Jasa Kena Pajak yang PPN-nya belum dipungut dan dilaporkan.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini