Direktur Jenderal Pajak melakukan koreksi positif atas penyerahan yang PPN-nya tidak dipungut senilai Rp1.318.407.851,00 karena menganggap Wajib Pajak tidak memenuhi ketentuan formal dokumen kepabeanan. Sengketa ini berpusat pada interpretasi Pasal 16B UU PPN jo. PP Nomor 32 Tahun 2009 mengenai fasilitas perpajakan di kawasan berikat.
Konflik bermula saat Pemeriksa Pajak menyatakan bahwa penyerahan barang dari area lokal ke Kawasan Berikat tidak didukung dengan dokumen BC 4.0 yang telah mendapat validasi (stempel dan tanda tangan) pejabat Bea dan Cukai pada saat pemeriksaan lapangan. DJP berargumen bahwa tanpa bukti fisik dokumen BC 4.0 yang sempurna, fasilitas PPN tidak dipungut tidak dapat diberikan, sehingga penyerahan tersebut harus dikoreksi menjadi penyerahan yang terutang PPN. Sebaliknya, PT BWI menegaskan bahwa seluruh transaksi telah dilaporkan dalam Faktur Pajak dengan kode 07 dan didukung dokumen pabean yang membuktikan barang benar-benar telah masuk ke Kawasan Berikat.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya menekankan pada hakikat kebenaran materiil. Setelah melakukan pemeriksaan mendalam terhadap bukti-bukti yang diajukan dalam persidangan, Majelis menemukan bahwa PT BWI mampu menunjukkan dokumen BC 4.0 yang valid, invoice, serta Faktur Pajak yang sinkron. Majelis berpendapat bahwa selama arus barang dapat dibuktikan masuk ke Kawasan Berikat sesuai ketentuan kepabeanan, maka hak atas fasilitas PPN tidak dipungut tetap melekat pada Wajib Pajak.
Putusan ini memberikan penegasan bahwa administrasi kepabeanan dan perpajakan haruslah sinkron. Bagi Wajib Pajak, kemenangan ini menunjukkan pentingnya tertib administrasi dokumen BC 4.0 sebagai instrumen vital dalam mempertahankan fasilitas pajak. Implikasinya, DJP tidak dapat serta-merta melakukan koreksi hanya berdasarkan ketiadaan dokumen sesaat jika pada proses keberatan atau banding Wajib Pajak mampu membuktikan keberadaan dokumen tersebut secara otentik.
Kesimpulannya, penguatan sistem pengarsipan dokumen kepabeanan adalah kunci mitigasi risiko sengketa PPN bagi perusahaan yang bertransaksi dengan pengusaha di Kawasan Berikat.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini