Sengketa pengkreditan Pajak Masukan akibat jawaban konfirmasi "Tidak Ada" dari KPP domisili lawan transaksi tetap menjadi isu krusial dalam litigasi perpajakan Indonesia. Kasus ini bermula ketika otoritas pajak melakukan koreksi positif atas Pajak Masukan PT PPN senilai Rp 429.470.905 untuk Masa Pajak April 2015. Dasar hukum yang digunakan Terbanding bertumpu pada Keputusan Direktur Jenderal Pajak Nomor KEP-754/PJ./2001 dan SE-10/PJ.52/2006, yang pada intinya menyatakan bahwa jika jawaban klarifikasi adalah "Tidak Ada", maka Faktur Pajak tersebut tidak dapat diyakini keabsahannya kecuali Wajib Pajak dapat membuktikan arus uang dan arus barang secara meyakinkan.
Konflik meruncing pada perdebatan mengenai penerapan Pasal 16F UU PPN terkait Tanggung Jawab Renteng. Terbanding berargumen bahwa PT PPN gagal menunjukkan bukti pendukung yang memadai selama proses pemeriksaan untuk memverifikasi bahwa PPN tersebut telah benar-benar dibayar kepada penjual. Sebaliknya, PT PPN selaku Pemohon Banding memberikan bantahan keras dengan menunjukkan bukti pembayaran riil melalui sistem perbankan. Pemohon Banding menegaskan bahwa kelalaian penjual dalam melaporkan PPN dalam SPT Masa mereka tidak boleh dibebankan kepada pembeli yang telah beritikad baik dan menunaikan kewajiban pembayaran pajaknya.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya menerapkan prinsip "substance over form" melalui uji materialitas yang sangat ketat. Hakim menilai bahwa eksistensi jawaban konfirmasi "Tidak Ada" hanyalah merupakan petunjuk awal, namun bukan bukti mutlak untuk menggugurkan hak pengkreditan Pajak Masukan. Dalam persidangan, Majelis melakukan pemeriksaan mendalam terhadap bukti-bukti yang diajukan PT PPN berupa Invoice, Payment Voucher, Rekening Koran, dan fisik Faktur Pajak asli. Hasilnya, Majelis Hakim membatalkan koreksi atas 50 Faktur Pajak karena pembeli berhasil membuktikan adanya arus uang yang nyata. Namun, untuk 13 Faktur Pajak lainnya, koreksi tetap dipertahankan karena Pemohon Banding gagal menunjukkan dokumen fisik asli di hadapan persidangan.
Putusan ini memberikan implikasi penting bagi Wajib Pajak dalam memperkuat administrasi perpajakan mereka. Keberhasilan membatalkan koreksi sangat bergantung pada kemampuan Wajib Pajak dalam mendokumentasikan setiap transaksi secara linear—mulai dari pesanan hingga bukti transfer bank. Kasus ini menegaskan bahwa Pasal 16F UU PPN dapat menjadi pelindung bagi pembeli, asalkan bukti pembayaran PPN kepada penjual dapat diuji secara material. Hal ini menjadi peringatan bagi perusahaan untuk tidak hanya mengandalkan kelengkapan formal Faktur Pajak, tetapi juga memastikan traceability atas seluruh arus kas yang berkaitan dengan transaksi tersebut.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini