Sengketa Pajak Pertambahan Nilai (PPN) pada PT BWI menyoroti rigiditas otoritas pajak dalam mengoreksi Pajak Masukan berdasarkan data sistem internal Approweb tanpa mempertimbangkan realitas transaksi. Inti konflik bermula ketika Terbanding melakukan koreksi atas Pajak Masukan Masa April 2014 sebesar Rp4.301.835,00 dengan dalih ditemukannya 18 Faktur Pajak ganda, perbedaan nilai pelaporan, dan ketiadaan bukti arus barang/uang. Terbanding menegaskan bahwa berdasarkan PER-24/PJ/2012, Faktur Pajak yang tidak sesuai dengan data sistem atau tidak lengkap dikategorikan sebagai Faktur Pajak tidak sah yang tidak dapat dikreditkan.
Di sisi lain, PT BWI sebagai Pemohon Banding memberikan perlawanan argumentatif dengan menyatakan bahwa pada tahun 2014 sistem e-Faktur belum diimplementasikan secara menyeluruh, sehingga pembeli tidak memiliki instrumen untuk memvalidasi nomor seri Faktur Pajak yang diterbitkan penjual. Pemohon Banding menekankan bahwa beban tanggung jawab renteng sebagaimana diatur dalam Pasal 33 UU KUP tidak seharusnya dibebankan kepada pembeli selama mereka dapat membuktikan telah melakukan pembayaran PPN kepada penjual. PT BWI menyodorkan bukti konkret berupa payment voucher, invoice asli, rekening koran, dan purchase order untuk mematahkan asumsi Terbanding.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak dalam pertimbangan hukumnya mengedepankan prinsip kebenaran materiil di atas formalitas sistemik. Setelah melakukan uji bukti, Majelis menemukan bahwa untuk nilai PPN sebesar Rp3.525.635,00, Pemohon Banding berhasil menunjukkan bukti arus uang yang selaras dengan invoice dan faktur terkait. Namun, untuk sisa koreksi sebesar Rp776.200,00, Pemohon Banding gagal menyediakan dokumen pendukung sehingga koreksi tersebut tetap dipertahankan. Putusan ini menegaskan bahwa bukti arus uang (cash flow) merupakan instrumen krusial dalam mempertahankan hak pengkreditan Pajak Masukan.
Implikasi dari putusan ini memberikan pelajaran penting bagi Wajib Pajak bahwa tertib administrasi dokumen pendukung transaksi adalah perlindungan utama dalam sengketa litigasi. Meskipun otoritas pajak memiliki data internal yang menunjukkan ketidaksesuaian, kekuatan bukti eksternal seperti rekening koran dan bukti transfer dapat membatalkan koreksi tersebut. Putusan ini memperkuat posisi Wajib Pajak bahwa kesalahan administratif di sisi penjual tidak serta-merta menggugurkan hak pembeli untuk mengkreditkan Pajak Masukan, selama transaksi tersebut nyata dan telah dibayar.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini