Sengketa pengkreditan Pajak Masukan sering kali menjadi batu sandungan bagi Wajib Pajak ketika berhadapan dengan hasil konfirmasi faktur pajak yang menyatakan data tidak ditemukan atau tidak dilaporkan oleh lawan transaksi. Dalam perkara PT TI, otoritas pajak melakukan koreksi signifikan atas Pajak Masukan dengan dalih pelanggaran Pasal 13 ayat (9) UU PPN dan ketentuan konfirmasi faktur pajak. Fokus utama perselisihan ini terletak pada apakah kesalahan administratif atau kegagalan pelaporan oleh penjual dapat secara otomatis menggugurkan hak pembeli untuk mengkreditkan Pajak Masukan, terutama ketika pembeli telah menjalankan kewajiban pembayaran secara nyata.
Inti konflik bermula dari temuan Terbanding melalui aplikasi Portal DJP yang menunjukkan adanya indikasi Faktur Pajak Ganda, Penjual Tidak Lapor, hingga jawaban konfirmasi "Tidak Ada". Terbanding bersikeras menerapkan prinsip tanggung jawab renteng sebagaimana diatur dalam Pasal 16F UU PPN, dengan argumen bahwa Pajak Masukan tersebut tidak memenuhi syarat formal dan material karena tidak dapat dikonfirmasi kebenarannya di sistem database perpajakan nasional. Sebaliknya, PT TI sebagai Pemohon Banding menegaskan bahwa sebagai pembeli, mereka telah membayar PPN yang terutang kepada penjual, yang dibuktikan dengan dokumen invoice, kontrak, dan rekening koran. Pemohon Banding berpendapat bahwa ketidakpatuhan penjual dalam melaporkan SPT Masa PPN berada di luar kendali dan tanggung jawab mereka sebagai pembeli yang beritikad baik.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya melakukan pengujian mendalam terhadap bukti-bukti pendukung transaksi atau "Uji Bukti". Majelis memberikan keputusan yang bernuansa: untuk sengketa "Faktur Pajak Ganda", koreksi tetap dipertahankan karena kurangnya keyakinan atas kebenaran transaksi meskipun dokumen formal tersedia. Namun, untuk kategori "Penjual Tidak Lapor" dan jawaban "Tidak Ada", Majelis membatalkan koreksi Terbanding sepanjang Pemohon Banding mampu menunjukkan bukti arus uang (pembayaran melalui bank) dan arus barang secara sinkron. Majelis berpendapat bahwa hak pengkreditan Pajak Masukan tidak boleh hilang hanya karena kelalaian pihak ketiga (penjual) selama pembeli dapat membuktikan secara material bahwa transaksi benar terjadi dan PPN telah dibayarkan kepada penjual.
Analisis atas putusan ini menunjukkan bahwa keberadaan arus uang (cash flow) yang valid melalui sistem perbankan merupakan "senjata" terkuat bagi Wajib Pajak dalam menghadapi koreksi Pajak Masukan. Putusan ini mempertegas bahwa Pasal 16F UU PPN tidak dapat diterapkan secara membabi buta jika pembeli dapat membuktikan pembayaran pajak kepada penjual. Implikasinya, Wajib Pajak harus sangat disiplin dalam mendokumentasikan setiap tahapan transaksi, mulai dari kontrak, berita acara serah terima, hingga bukti transfer bank yang spesifik merujuk pada nomor faktur pajak terkait. Kesimpulannya, validitas material yang didukung bukti kuat dapat mengalahkan ketidaksempurnaan formal dalam sistem administrasi pajak.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini