Putusan ini menggarisbawahi secara tegas batasan kewenangan Direktur Jenderal Pajak (DJP) dalam menerapkan Prinsip Kewajaran dan Kelaziman Usaha (PKKU) terhadap transaksi afiliasi yang bersifat domestik. Sengketa ini berfokus pada koreksi positif Peredaran Usaha senilai Rp23.316.215.000 yang dilakukan DJP terhadap PT BKR dengan alasan laba operasinya (Operating Margin/OM 3,52%) dianggap berada di luar rentang kewajaran menurut hasil analisis DJP. Inti konflik hukum terletak pada interpretasi Pasal 18 ayat (3) Undang-Undang Pajak Penghasilan (UU PPh) dan Pasal 2 ayat (2) Peraturan Direktur Jenderal Pajak Nomor PER-32/PJ/2011.
Konflik ini bermula ketika DJP menggunakan kewenangan umum Pasal 18 ayat (3) UU PPh untuk melakukan koreksi TP, sambil berargumen bahwa batasan dalam PER-32/PJ/2011—yang membatasi koreksi TP domestik hanya pada kasus yang memanfaatkan perbedaan tarif—dapat diabaikan menggunakan asas Lex Superior Derogat Legi Inferiori. Di sisi lain, PT BKR, yang mayoritas transaksi afiliasinya (88,26%) bersifat domestik dengan tarif PPh yang sama (22%), bersikukuh bahwa mereka berada di luar yurisdiksi koreksi TP karena tidak ada pemanfaatan perbedaan tarif sebagaimana diatur dalam PER-32/PJ/2011.
Dalam resolusi sengketa ini, Majelis Hakim secara komprehensif memenangkan PT BKR, mengabulkan seluruh permohonan banding. Majelis Hakim menolak tegas argumentasi hukum DJP. Menurut Majelis, PER-32/PJ/2011 adalah aturan pelaksana dari UU PPh dan bukan bertentangan, sehingga pembatasan yang termuat di dalamnya (sebagai self-binding rule bagi DJP) harus ditaati. Dengan tidak adanya bukti bahwa PT BKR memanfaatkan perbedaan tarif pajak dalam transaksi domestiknya, dasar hukum koreksi DJP menjadi gugur. Selain itu, Majelis juga mempertimbangkan ketiadaan motif profit shifting mengingat transaksi lintas batas dilakukan ke negara dengan tarif yang lebih tinggi, serta adanya inkonsistensi teknis dalam pemilihan perusahaan pembanding oleh DJP.
Implikasi putusan ini sangat signifikan bagi praktik perpajakan di Indonesia. Putusan ini menjadi preseden kuat yang membatasi penerapan Pasal 18 ayat (3) UU PPh terhadap transaksi domestik sesuai dengan batasan yang dibuat oleh DJP sendiri melalui PER-32/PJ/2011. Bagi Wajib Pajak, kemenangan ini menegaskan kembali pentingnya berpegangan pada ketentuan teknis yang berlaku dan menuntut konsistensi administrasi pajak. Putusan ini mendorong Wajib Pajak untuk tidak hanya fokus pada kewajaran harga, tetapi juga memperkuat pertahanan hukum berdasarkan batasan yurisdiksi koreksi yang ada dalam regulasi, terutama jika transaksi domestik tidak melibatkan skema perbedaan tarif PPh.