Sistem perpajakan Indonesia dihadapkan pada kompleksitas penentuan substansi transaksi intra-grup, khususnya ketika koreksi harga transfer di Pajak Penghasilan (PPh) berdampak pada aspek Pajak Pertambahan Nilai (PPN). Kasus PT BCI dengan Nomor Putusan PUT-001281.16/2022/PP/M.XIIA Tahun 2025 menjadi preseden penting mengenai perlindungan hak pengkreditan Pajak Masukan (PM) atas Pemanfaatan Jasa Kena Pajak dari Luar Daerah Pabean (PJLN), meskipun sebagian pembayaran jasa tersebut telah dire-karakterisasi menjadi dividen terselubung oleh otoritas pajak. Persoalan krusial ini memicu sengketa PPN senilai Rp820.971.699,00 yang bermuara pada pertanyaan: apakah koreksi secondary adjustment PPh secara otomatis membatalkan validitas Pajak Masukan yang telah disetor ke kas negara?
Inti konflik dalam sengketa ini bermula dari hasil pemeriksaan PPh Badan, di mana Direktur Jenderal Pajak (DJP) sebagai Terbanding berpandangan bahwa pembayaran biaya jasa intra-grup yang dilakukan PT BTCI kepada afiliasinya, BT Pic, melebihi kewajaran harga pasar (arm's length principle). Akibatnya, kelebihan pembayaran (mark-up) tersebut dikoreksi dan diklasifikasikan sebagai dividen terselubung. DJP kemudian memperluas koreksi ini ke ranah PPN, berargumen bahwa karena transaksi tersebut dideemed bukan sebagai jasa melainkan sebagai distribusi laba, maka PPN yang telah disetor atas transaksi PJLN tersebut secara material tidak lagi memenuhi syarat untuk dikreditkan sebagai Pajak Masukan sesuai Pasal 9 ayat (2b) juncto Pasal 13 ayat (9) UU PPN. Argumentasi DJP adalah, PPN Masukan tidak sah karena keterangan pada SSP (yang disamakan dengan Faktur Pajak) dianggap tidak sesuai dengan kenyataan yang sebenarnya.
Menyanggah argumen Terbanding, PT BTCI sebagai Pemohon Banding dengan tegas menyatakan bahwa koreksi PPh tidak serta-merta dapat menghilangkan hak pengkreditan PPN. Pemohon Banding telah memenuhi kewajiban formalnya dengan memungut sendiri PPN dan menyetorkannya ke Kas Negara melalui Surat Setoran Pajak (SSP) yang sah, sesuai dengan ketentuan yang memperlakukan SSP atas PJLN sebagai Faktur Pajak yang memenuhi syarat. Pemohon Banding menekankan prinsip keadilan, bahwa PPN adalah pajak tidak langsung yang mekanisme pemungutan dan pengkreditannya terpisah dari PPh. Oleh karenanya, menolak pengkreditan PPN yang telah disetor hanya karena alasan koreksi PPh akan menimbulkan kerugian ganda bagi Wajib Pajak.
Dalam pertimbangan hukumnya, Majelis Hakim Pengadilan Pajak secara definitif memenangkan argumentasi Wajib Pajak. Majelis memandang bahwa Pemohon Banding telah membuktikan telah menyetor PPN PJLN ke Kas Negara. Majelis berpendapat bahwa koreksi harga transfer yang berujung pada klasifikasi dividen terselubung dalam PPh tidak memiliki kekuatan hukum untuk menggugurkan status PPN yang telah disetor sebagai Pajak Masukan yang sah. Majelis menguatkan putusannya dengan merujuk pada prinsip keadilan dan kepastian hukum, menegaskan bahwa PPN yang telah dibayar oleh Wajib Pajak sesuai dengan Pasal 16F UU PPN merupakan hak pengkreditan yang tidak dapat diabaikan.
Implikasi Putusan ini sangat signifikan, menetapkan preseden bahwa otoritas pajak tidak dapat secara otomatis membatalkan pengkreditan PPN Masukan yang telah disetor hanya karena adanya secondary adjustment PPh (dividen terselubung). Putusan ini memberikan kepastian hukum bagi perusahaan multinasional terkait pengelolaan risiko pajak ganda. Bagi Wajib Pajak, hal ini menegaskan pentingnya mempertahankan bukti setoran PPN PJLN (SSP) sebagai dokumen yang kuat, sekaligus mengingatkan untuk senantiasa memperkuat dokumentasi Transfer Pricing guna memitigasi risiko koreksi PPh sejak awal.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini