Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar (SKPKB) PPN Masa Pajak September 2008 yang diterbitkan pada tahun 2013 memicu sengketa hukum antara PT TKU dan Direktorat Jenderal Pajak (DJP). Inti konflik bermula ketika Penggugat mengajukan permohonan pembetulan berdasarkan Pasal 16 UU KUP, dengan dalih bahwa SKPKB tersebut telah melewati masa kedaluwarsa penetapan dan terdapat kesalahan penghitungan sanksi administrasi. Penggugat berargumen bahwa penetapan pajak tahun 2008 yang dilakukan pada 2013 seharusnya tunduk pada aturan kedaluwarsa 5 tahun, sehingga ketetapan tersebut dianggap batal demi hukum karena kesalahan penerapan regulasi.
Di sisi lain, Tergugat (DJP) mempertahankan posisinya dengan menyatakan bahwa permohonan pembetulan Penggugat harus ditolak karena tidak memenuhi kriteria "kesalahan yang bersifat nyata" sebagaimana diatur secara limitatif dalam Pasal 16 UU KUP. Menurut DJP, isu mengenai kedaluwarsa penetapan dan kebenaran materiil hasil pemeriksaan merupakan sengketa substansi yang memerlukan pengujian mendalam, bukan sekadar kesalahan tulis atau hitung yang bersifat administratif sederhana. Oleh karena itu, saluran hukum yang tepat seharusnya adalah melalui mekanisme keberatan atau banding, bukan permohonan pembetulan yang bersifat prosedural.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak dalam pertimbangan hukumnya sepakat dengan posisi otoritas pajak. Hakim menegaskan bahwa cakupan Pasal 16 UU KUP terbatas pada kesalahan yang sifatnya jelas (evident) dan tidak mengandung perbedaan penafsiran hukum yang luas. Karena isu kedaluwarsa penetapan pajak melibatkan interpretasi hukum dan pengecekan fakta pemeriksaan kembali, hal tersebut dikategorikan sebagai sengketa materiil. Akibatnya, Majelis Hakim memutuskan untuk menolak gugatan Penggugat karena permohonan pembetulan bukan merupakan instrumen hukum yang sah untuk menguji validitas substansi sebuah ketetapan pajak.
Putusan ini memberikan implikasi penting bagi Wajib Pajak mengenai ketepatan pemilihan upaya hukum (legal remedy). Kekeliruan dalam memilih antara jalur pembetulan (Pasal 16 KUP) dan jalur keberatan (Pasal 25 KUP) dapat berakibat fatal pada hilangnya hak Wajib Pajak untuk mempertahankan argumen substansinya. Kasus PT TKU menegaskan bahwa isu krusial seperti kedaluwarsa penetapan tidak akan pernah bisa "dipaksakan" masuk melalui pintu pembetulan jika di dalamnya terdapat ruang sengketa penafsiran hukum.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini