Penerbitan Surat Tagihan Pajak (STP) atas sanksi denda Pasal 14 ayat (4) UU KUP seringkali menjadi momok bagi eksportir ketika ditemukan perbedaan data administratif. Fokus sengketa dalam kasus PT ICS adalah apakah Tergugat memiliki kewenangan untuk menyatakan Pemberitahuan Ekspor Barang (PEB) sebagai Faktur Pajak tidak lengkap hanya karena adanya perbedaan nilai antara PEB dengan invoice komersial, padahal dokumen tersebut telah divalidasi oleh otoritas Bea Cukai.
Konflik ini bermula ketika Tergugat melakukan pemeriksaan dan menemukan bahwa nilai FOB pada beberapa PEB milik Penggugat tidak sama dengan nilai pada invoice. Tergugat berargumen bahwa berdasarkan Pasal 13 ayat (6) UU PPN dan PER-33/PJ/2014, PEB adalah dokumen yang kedudukannya dipersamakan dengan Faktur Pajak, sehingga jika isiannya tidak sesuai dengan dokumen pendukung (invoice), maka dianggap sebagai Faktur Pajak tidak lengkap yang layak dikenakan sanksi denda 2% dari Dasar Pengenaan Pajak (DPP). Sebaliknya, Penggugat menegaskan bahwa PEB adalah dokumen kepabeanan yang kebenarannya telah diuji dan disetujui oleh pejabat Bea Cukai (NPE), sehingga Tergugat tidak berwenang mengoreksi validitas isian PEB tersebut untuk kepentingan pengenaan sanksi pajak.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya memberikan resolusi yang krusial bagi kepastian hukum. Majelis menyatakan bahwa meskipun PEB dipersamakan dengan Faktur Pajak, ketentuan mengenai syarat formal Faktur Pajak sebagaimana diatur dalam Pasal 13 ayat (5) UU PPN tidak dapat diterapkan secara otomatis atau dianalogikan sepenuhnya pada PEB. Selama PEB tersebut telah melalui proses kepabeanan dan mendapatkan persetujuan ekspor, maka dokumen tersebut dianggap sah secara hukum sebagai bukti ekspor dengan tarif 0%.
Implikasi dari putusan ini menegaskan bahwa Direktorat Jenderal Pajak tidak dapat secara sepihak membatalkan keabsahan formal dokumen kepabeanan yang telah disetujui instansi berwenang lainnya hanya untuk mengejar sanksi denda administrasi. Putusan ini menjadi perlindungan bagi Wajib Pajak eksportir dari beban administratif ganda atas perbedaan data yang bersifat teknis-administratif sepanjang substansi transaksi ekspornya nyata adanya.