Sengketa ini berfokus pada penolakan permohonan pengurangan Bea Perolehan Hak atas Tanah dan Bangunan (BPHTB) sebesar 50% oleh Pemerintah Daerah Kabupaten Paser dalam konteks penggabungan usaha (merger). Tergugat mendasarkan penolakan pada pelanggaran jangka waktu prosedural tiga bulan sejak penandatanganan akta penggabungan sebagaimana diatur dalam Peraturan Bupati. Namun, Penggugat berargumen bahwa keterlambatan tersebut disebabkan oleh hambatan administratif di tingkat otoritas pusat (DJP) yang berada di luar kendali mereka, menciptakan situasi relative force majeure.
Inti konflik bermula ketika PT PG melakukan merger dengan PT SA pada Desember 2022. Berdasarkan regulasi daerah, permohonan pengurangan BPHTB merger harus diajukan maksimal 3 bulan sejak akta ditandatangani. Namun, syarat mutlak pengajuan tersebut adalah adanya Surat Keputusan persetujuan penggunaan nilai buku dari Direktur Jenderal Pajak. Faktanya, keputusan dari otoritas pusat tersebut baru terbit pada Juli 2023, melampaui tenggat waktu daerah. Tergugat tetap pada pendirian kaku bahwa prosedur formal telah terlampaui, sementara Penggugat menegaskan bahwa mustahil mengajukan permohonan tanpa dokumen syarat yang belum diterbitkan instansi lain.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya menyatakan bahwa keadilan harus diutamakan di atas formalitas yang mustahil dipenuhi. Hakim mengakui adanya "keadaan memaksa yang relatif", di mana Penggugat memiliki iktikad baik namun terhalang oleh sinkronisasi regulasi antara pusat dan daerah. Majelis menilai bahwa Penggugat bertindak responsif dengan langsung mengajukan permohonan segera setelah syarat dari DJP terpenuhi. Oleh karena itu, hambatan waktu tersebut tidak boleh menghilangkan hak substansial Penggugat untuk mendapatkan insentif pajak merger.
Implikasi dari putusan ini memberikan angin segar bagi pelaku usaha yang melakukan restrukturisasi organisasi. Putusan ini menegaskan bahwa disparitas waktu antar regulasi tidak boleh merugikan Wajib Pajak sepanjang terdapat bukti iktikad baik dan hambatan tersebut bersifat eksternal. Secara teknis, putusan ini memperkuat posisi hukum bahwa syarat administratif yang saling bergantung (interdependent) harus dipandang secara holistik oleh Majelis Hakim guna mencapai kepastian hukum yang berkeadilan.
Kesimpulannya, Majelis Hakim mengabulkan seluruh gugatan Penggugat. Amar putusan memerintahkan penghitungan kembali BPHTB dengan memberikan pengurangan 50%, yang secara signifikan meringankan beban pajak akibat merger. Kasus ini menjadi preseden penting mengenai penerapan azas kemanfaatan dan keadilan dalam menghadapi kekakuan prosedur administrasi pajak daerah.