Otoritas pajak seringkali menitikberatkan pada kepatuhan formal dalam penerbitan Faktur Pajak, yang berujung pada penerbitan Surat Tagihan Pajak (STP) berdasarkan Pasal 14 ayat (4) UU KUP. Namun, Putusan Pengadilan Pajak Nomor PUT-009667.99/2019/PP/M.IIIA Tahun 2020 menegaskan bahwa keadilan substansial dan ketiadaan kerugian negara dapat membatalkan sanksi administrasi tersebut. Kasus ini melibatkan PT ICS yang menggugat keputusan Tergugat atas penolakan permohonan pembatalan STP PPN Masa Pajak November 2017.
Inti konflik dalam persidangan ini berfokus pada interpretasi keterlambatan pembuatan Faktur Pajak. Tergugat menggunakan data elektronik untuk membuktikan bahwa tanggal Faktur Pajak melampaui saat penyerahan Barang Kena Pajak, sehingga sanksi denda 2% dari Dasar Pengenaan Pajak (DPP) wajib dikenakan. Di sisi lain, Penggugat memberikan argumen bahwa transaksi tersebut dilakukan dengan Bendahara Pemerintah (Pemungut PPN), di mana terdapat kompleksitas administratif terkait saat penagihan. Penggugat menekankan bahwa seluruh PPN telah disetor dan dilaporkan, sehingga pengenaan sanksi dianggap sebagai beban yang tidak proporsional.
Majelis Hakim dalam resolusinya mengambil pendekatan yang progresif dengan mempertimbangkan aspek kemanfaatan hukum. Meskipun secara teknis terdapat ketidaksesuaian waktu (formalitas), Majelis berpendapat bahwa karena tidak ada niat jahat untuk menghindari pajak dan tidak ada kerugian pada penerimaan negara, maka sanksi tersebut harus dibatalkan. Hakim menekankan bahwa fungsi sanksi administrasi adalah untuk membina Wajib Pajak, bukan untuk menghukum kekhilafan administratif yang tidak berdampak negatif pada kas negara.
Analisis atas putusan ini menunjukkan bahwa Pengadilan Pajak semakin mengedepankan prinsip substance over form. Implikasinya, Wajib Pajak memiliki peluang untuk membatalkan STP sanksi administrasi jika dapat membuktikan kepatuhan material (pembayaran pajak pokok) telah terpenuhi. Kesimpulannya, putusan ini menjadi preseden penting bahwa prosedur formal perpajakan tidak boleh mengabaikan nilai keadilan dan kondisi nyata di lapangan, terutama dalam transaksi yang melibatkan pemungut pajak negara.