Sengketa pengkreditan Pajak Masukan seringkali menjadi batu sandungan bagi Wajib Pajak ketika lawan transaksi lalai dalam menjalankan kewajiban perpajakannya. Kasus PT KPS memberikan preseden penting mengenai supremasi kebenaran materiil di atas kegagalan sistem administrasi atau konfirmasi faktur yang dinyatakan "Tidak Ada" oleh otoritas pajak.
Konflik ini berakar pada koreksi Terbanding atas Pajak Masukan Masa November 2020 senilai Rp221.325.324,00. Dasar koreksi Terbanding bertumpu pada hasil klarifikasi data perolehan BKP/JKP yang menyatakan faktur pajak tersebut tidak terdaftar pada KPP tempat lawan transaksi bernaung. Terbanding berargumen bahwa tanpa adanya pelaporan dari sisi penjual, maka syarat formal dan material pengkreditan sebagaimana diatur dalam Pasal 9 ayat (8) huruf f UU PPN tidak terpenuhi, sehingga hak pengkreditan bagi pembeli gugur secara otomatis.
Namun, PT KPS melakukan perlawanan argumentatif dengan mengajukan bukti konkret berupa arus uang dan arus barang. Pemohon Banding menegaskan bahwa transaksi pembelian Tandan Buah Segar (TBS) benar-benar terjadi, didukung oleh invoice, kwitansi, serta mutasi rekening koran yang menunjukkan pembayaran harga barang beserta PPN kepada penjual. Pemohon Banding menekankan prinsip tanggung jawab renteng dalam Pasal 33 UU KUP, di mana pembeli yang telah membayar PPN tidak boleh dirugikan oleh kelalaian penjual dalam melaporkan pajak tersebut.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak memberikan pertimbangan hukum yang berpihak pada keadilan subtansial. Hakim berpendapat bahwa jawaban klarifikasi "Tidak Ada" dari sistem DJP tidak serta-merta menghapus hak pengkreditan Wajib Pajak jika transaksi nyata dapat dibuktikan. Dengan terujinya bukti pembayaran dan penerimaan barang di persidangan, Majelis Hakim menilai Pemohon Banding adalah pembeli beritikad baik. Kegagalan penjual dalam menyetorkan atau melaporkan PPN adalah ranah pengawasan DJP terhadap penjual tersebut, dan bukan menjadi beban pembeli yang telah menunaikan kewajibannya.
Kesimpulannya, putusan ini menegaskan bahwa dalam sengketa PPN, bukti materiil (arus kas dan barang) memiliki bobot lebih tinggi daripada sekadar hasil konfirmasi sistem yang bersifat administratif. Implikasinya, Wajib Pajak harus sangat disiplin dalam mendokumentasikan setiap bukti transaksi untuk memitigasi risiko koreksi akibat kelalaian pihak ketiga. Putusan ini mengembalikan ruh keadilan bahwa beban pajak seharusnya tidak ditanggung dua kali oleh pembeli yang jujur.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini