Sengketa antara PT PSA dan Direktorat Jenderal Pajak (DJP) memuncak pada perdebatan mengenai korelasi langsung antara Pajak Masukan dari unit perkebunan dengan penyerahan CPO yang terutang PPN. DJP melakukan koreksi dengan dalih bahwa Pajak Masukan atas perolehan BKP/JKP di unit kebun berkaitan dengan Tandan Buah Segar (TBS) yang merupakan barang hasil pertanian non-BKP. Namun, PSA menegaskan posisi hukumnya sebagai unit usaha terintegrasi, di mana seluruh biaya di kebun secara substansi ekonomi adalah biaya untuk menghasilkan CPO dan PK sebagai produk akhir yang terutang PPN.
Inti konflik hukum ini berpusat pada interpretasi Pasal 9 ayat (8) huruf b UU PPN mengenai pembatasan pengkreditan Pajak Masukan untuk perolehan yang tidak mempunyai hubungan langsung dengan kegiatan usaha. Terbanding bersikuh menggunakan pendekatan pemisahan unit (separate entity approach) antara kebun dan pabrik. Sebaliknya, Pemohon Banding mengedepankan prinsip neutrality dalam PPN, berpendapat bahwa pemisahan tersebut mengabaikan realitas operasional perusahaan terintegrasi di mana kebun merupakan bagian tak terpisahkan dari rantai produksi barang kena pajak.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya merujuk pada yurisprudensi tetap pasca Putusan Mahkamah Agung Nomor 70P/HUM/2013. Majelis berpendapat bahwa meskipun perusahaan bersifat terintegrasi, Pajak Masukan atas perolehan yang digunakan untuk menghasilkan barang yang tidak terutang PPN tetap tidak dapat dikreditkan. Namun, Majelis Hakim memberikan solusi proporsional dengan menerapkan mekanisme penghitungan kembali Pajak Masukan berdasarkan perbandingan nilai penyerahan yang terutang pajak terhadap seluruh penyerahan, sebagaimana diatur dalam Keputusan Menteri Keuangan terkait.
Implikasi dari putusan ini menegaskan bahwa perusahaan perkebunan sawit terintegrasi tidak dapat secara otomatis mengkreditkan 100% Pajak Masukan atas biaya kebun. Perusahaan harus sangat cermat dalam melakukan alokasi biaya dan penghitungan proporsionalitas penyerahan. Kemenangan sebagian ini menjadi preseden penting bahwa pendekatan "proporsionalitas" lebih dikedepankan oleh Majelis Hakim daripada pendekatan "all or nothing" yang seringkali diajukan baik oleh fiskus maupun wajib pajak dalam sengketa serupa.
Kesimpulannya, pengkreditan Pajak Masukan pada sektor integrated tetap tunduk pada prinsip penggunaan untuk tujuan penyerahan terutang PPN. Wajib Pajak disarankan untuk memperkuat dokumentasi pemakaian BKP/JKP dan memastikan perhitungan Pajak Masukan yang dapat dikreditkan telah sesuai dengan formula pengkreditan proporsional guna meminimalisir risiko koreksi signifikan di masa depan.
'Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini'