Sengketa PPN atas Pajak Masukan yang tidak dapat dikonfirmasi seringkali menjadi batu sandungan bagi Wajib Pajak yang telah beritikad baik. Dalam kasus sengketa antara PT TI melawan Direktorat Jenderal Pajak (DJP), titik sentral perdebatan adalah koreksi Pajak Masukan sebesar Rp165.169.529,00 yang dilakukan Terbanding karena hasil klarifikasi konfirmasi faktur pajak menunjukkan jawaban "Tidak Ada". DJP bersandar pada ketentuan formal dan mekanisme tanggung jawab renteng, berargumen bahwa kegagalan lawan transaksi dalam melaporkan faktur pajak mengakibatkan hak pengkreditan bagi pembeli menjadi gugur secara otomatis jika pembeli tidak dapat membuktikan pelunasan PPN melalui mekanisme Pasal 33 UU KUP.
Namun, Majelis Hakim Pengadilan Pajak memberikan perspektif hukum yang lebih mengutamakan kebenaran material (substance over form). Meskipun secara administratif hasil konfirmasi adalah negatif, Pemohon Banding berhasil menyajikan bukti-bukti konkret berupa invoice, Surat Jalan, dan bukti pembayaran melalui rekening koran bank yang menunjukkan bahwa arus barang dan arus uang benar-benar terjadi. Majelis berpendapat bahwa selama transaksi tersebut nyata dan berkaitan dengan kegiatan usaha, ketidakpatuhan administrasi dari pihak penjual tidak boleh menghapus hak pembeli untuk mengkreditkan Pajak Masukan. Putusan ini menegaskan bahwa kebenaran material yang didukung bukti yang kuat memiliki kedudukan lebih tinggi daripada sekadar jawaban sistem administrasi pajak yang bersifat sepihak.
Implikasi dari putusan ini sangat signifikan bagi dunia usaha di Indonesia. Putusan ini menjadi pengingat sekaligus perlindungan hukum bagi Wajib Pajak to selalu menjaga dokumentasi transaksi secara lengkap dan tertib. Strategi litigasi yang berfokus pada pembuktian arus uang dan barang (cash and goods flow) terbukti efektif dalam mematahkan koreksi yang hanya berbasis pada data administratif internal otoritas pajak. Keadilan perpajakan menuntut agar Wajib Pajak yang jujur tidak menanggung beban pajak yang seharusnya menjadi tanggung jawab pihak lain yang tidak patuh.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini