Penerbitan Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar (SKPKB) PPh Final Pasal 21 seringkali dipicu oleh perbedaan angka antara laporan keuangan dan pelaporan pajak. Dalam sengketa PT AFN, Terbanding melakukan koreksi signifikan mencapai Rp1,7 miliar hanya berdasarkan metode ekualisasi akun biaya di Trial Balance. Inti konflik terletak pada interpretasi data; di mana otoritas pajak menganggap seluruh selisih biaya sebagai objek pajak yang belum dipotong, sementara Wajib Pajak menegaskan bahwa pembuktian harus merujuk pada General Ledger yang mencatat hakikat ekonomi setiap transaksi secara spesifik.
Majelis Hakim dalam pertimbangannya menekankan bahwa kebenaran materiil harus diutamakan di atas metode ekualisasi formal. Setelah dilakukan uji bukti, ditemukan bahwa tidak semua akun yang dikoreksi merupakan objek PPh Final Pasal 21 (pesangon). Implikasinya, putusan ini menegaskan bahwa metode ekualisasi hanyalah alat deteksi awal, bukan bukti final.
Wajib Pajak diharapkan memperkuat dokumentasi payroll dan klasifikasi akun biaya sejak tahap pembukuan agar siap menghadapi pengujian arus data oleh pemeriksa pajak. Putusan ini menjadi pengingat penting bahwa kekuatan General Ledger dan bukti pendukung transaksi jauh lebih menentukan dibandingkan hasil ekualisasi yang bersifat global di mata pengadilan.