Sengketa pemanfaatan Jasa Kena Pajak dari luar negeri (PPN JLN) atas biaya Management Service Fee menjadi isu sentral dalam persidangan ini, di mana Terbanding melakukan koreksi karena tidak meyakini eksistensi serta manfaat ekonomi dari jasa manajemen yang diberikan oleh afiliasi
Berdasarkan Pasal 9 ayat (8) huruf b UU PPN, pengkreditan Pajak Masukan mensyaratkan adanya hubungan langsung dengan kegiatan usaha, yang dalam kasus ini sempat diragukan oleh otoritas pajak akibat adanya koreksi serupa pada pos PPh Badan. Terbanding berargumen bahwa tanpa bukti manfaat yang konkret dan pemenuhan prinsip kewajaran (ALP), maka PPN yang telah disetor melalui SSP tidak dapat dikreditkan sebagai Pajak Masukan.
Namun, PT II berhasil mematahkan argumentasi tersebut dengan menyajikan bukti-bukti material yang komprehensif, mulai dari kontrak jasa, korespondensi email yang menunjukkan instruksi strategis, hingga laporan audit dan bukti pelaksanaan training. Pemohon Banding juga membuktikan secara kuantitatif melalui Berry Ratio bahwa jasa manajemen tersebut berkontribusi nyata pada profitabilitas perusahaan yang berada di atas rata-rata industri. Majelis Hakim dalam pertimbangannya menegaskan bahwa ketika eksistensi jasa telah terbukti dan biaya tersebut berkaitan dengan kegiatan mendapatkan, menagih, dan memelihara penghasilan (3M), maka hak Wajib Pajak untuk mengkreditkan Pajak Masukan harus dilindungi. Putusan ini menggarisbawahi pentingnya dokumentasi transaksi afiliasi yang kuat bukan hanya untuk kepentingan PPh, tetapi juga sebagai fondasi pengkreditan PPN.
'Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini'